Когда я узнал, что эволюционно несвязанные белки, выполняющие схожие функции, часто имеют схожую структуру, мне стало интересно, существует ли такая закономерность для топологии? Известно, что если фермент имеет узел, то его дальние родственники тоже будут иметь в этом месте узел, хотя будут наблюдаться различия структур и последовательностей. А что насчет иных признаков?
Для того, чтобы проанализировать "запутанность" белковой цепи, нужно использовать метрику, не требующую выравнивания структуры. Такая метрика, writhe, отражает, сколько раз и в каком направлении часть цепи оплетает другую. Применив эту метрику к сотне тысяч структур, было обнаружено, что:
Для того, чтобы проанализировать "запутанность" белковой цепи, нужно использовать метрику, не требующую выравнивания структуры. Такая метрика, writhe, отражает, сколько раз и в каком направлении часть цепи оплетает другую. Применив эту метрику к сотне тысяч структур, было обнаружено, что:
Белки с избыточной или недостаточной "запутанностью" встречаются редко
Упорядоченные суперспирализованные домены хоть и находятся на границе допустимого writhe, являются очень консервативными
По мере роста цепи writhe быстро увеличивается, поэтому крупные белки вынуждены разделяться на несколько доменов, чтобы оставаться в рамках допустимой "запутанности"
🔥7❤6👍1🤯1
Вы не просили. Вы не ждали. Но я наткнулся на The Journal of Immaterial Science — химический сатирический журнал, который, к слову, периодически издается. И я должен поделиться выпуском с вами.
Издатели очень требовательны к подаваемым статьям, о чем открыто заявляют на reddit. К слову, если вы не поняли, о чем они говорят во втором пункте, просто ознакомьтесь с этой историей здесь — это действительно большая проблема современной науки, и очень радостно, что редакторы J. Immat. Sci. не остаются в стороне.
Я приложил фотографии химиков, практикующих "экстремальное титрование", из этого выпуска. Ниже вы можете проголосовать за лучшего (нумерация слева направо, сверху вниз)
Издатели очень требовательны к подаваемым статьям, о чем открыто заявляют на reddit. К слову, если вы не поняли, о чем они говорят во втором пункте, просто ознакомьтесь с этой историей здесь — это действительно большая проблема современной науки, и очень радостно, что редакторы J. Immat. Sci. не остаются в стороне.
Я приложил фотографии химиков, практикующих "экстремальное титрование", из этого выпуска. Ниже вы можете проголосовать за лучшего (нумерация слева направо, сверху вниз)
❤7🔥2👍1👀1
👀4❤1🔥1
Dance Your Ph.D. — это конкурс, проводимый ежегодно с 2008 года при поддержке Science и AAAS, призванный показать, как сложные идеи можно донести через танец. И неделю назад был объявлен победитель этого года — Sulo Roukka из University of Helsinki. Его диссертация была посвящена изучению химестезии — химической составляющей соматосенсорного восприятия в полости рта, дополняющей вкус и запах при формировании пищевого опыта
Но вместо обсуждения этого явления давайте лучше позволим ученому самому рассказать о его открытиях в этом крутом клипе
Но вместо обсуждения этого явления давайте лучше позволим ученому самому рассказать о его открытиях в этом крутом клипе
YouTube
Dance Your PhD 2025 Winner | Insights into oral chemesthetic perception by Dr. Sulo Roukka
Let the burning heat and icy coolness lead you into the fascinating world of chemesthesis and dance. This multi-sensory dance video is inspired by the PhD thesis "Insights into oral chemesthetic perception: A focus on food-related behavior" by Dr. Sulo Roukka…
🔥6❤3👀2👍1
Как оказалось, никакой фрагмент лекции по нейроинформатике, о которой я говорил раньше, не может быть ужат в 12 минут, поэтому я в срочном порядке подготовил презентацию о топологических запутанностях белков — эта тема давно интересует меня, и я даже написал научно-популярную заметку в прошлом году. Некоторые интересные слайды я прикрепил к посту
19 мая я буду читать большую лекцию и вести практику на схожую тему в Кванториуме. Из-за недосыпа и усталости есть желание перенести мероприятие...
19 мая я буду читать большую лекцию и вести практику на схожую тему в Кванториуме. Из-за недосыпа и усталости есть желание перенести мероприятие...
❤14👍3🔥3👀1
Я прошел на стажировку от Плавучего университета! Мой проект будет связан с изображениями отолитов рыб и машинным обучением. Ниже — немного о том, что это вообще такое и зачем нужно
Отолиты — это биоминерализованные кальциевые структуры, расположенные во внутреннем ухе костных рыб, которые образуются контролируемым отложением арагонита на белковой матрице, благодаря чему они имеют слоистое строение
Формирование фаз отолита — метаболический процесс, который зависит от состояния организма и окружающей среды, поэтому каждое кольцо несет в себе некоторую информацию о жизни рыбы (сколько она прожила, как питалась, в каком климате обитала). Более того, отолиты древних рыб (~167 млн лет) подтвердили модель палеоклимата — благодаря изотопам кислорода, сохранившимся в разных слоях минерала, доказали, что в Европе был настоящий тропический климат — среднегодовая температура составила +23°C, а колебания были в пределах ±3 °C
P.S. на последнем скриншоте официального приглашения, видимо, воспользовались автозаполнением
Отолиты — это биоминерализованные кальциевые структуры, расположенные во внутреннем ухе костных рыб, которые образуются контролируемым отложением арагонита на белковой матрице, благодаря чему они имеют слоистое строение
Формирование фаз отолита — метаболический процесс, который зависит от состояния организма и окружающей среды, поэтому каждое кольцо несет в себе некоторую информацию о жизни рыбы (сколько она прожила, как питалась, в каком климате обитала). Более того, отолиты древних рыб (~167 млн лет) подтвердили модель палеоклимата — благодаря изотопам кислорода, сохранившимся в разных слоях минерала, доказали, что в Европе был настоящий тропический климат — среднегодовая температура составила +23°C, а колебания были в пределах ±3 °C
🔥12😁2👀2❤1👍1🤔1
Научные визуализации для биологов (и не только):
BioArt NIAID — бесплатная коллекция из более 2 000 векторных иконок и иллюстраций для биомедицинских презентаций
SMART – Servier Medical Art — тысячи профессиональных медицинских элементов (анатомия, патология, оборудование) под лицензией CC BY 4.0 для научных публикаций и презентаций
BioIcons — библиотека свободных SVG-иконок для STEM с лицензиями CC0, CC BY-SA и MIT
SciDraw — сообщество CC BY-иллюстраторов, где собраны векторные рисунки животных, лабораторного оборудования и биологических объектов с DOI для цитирования
Open Science Art — иконки, 3D-модели и иллюстрации для научной коммуникации в STEM без коммерческих ограничений
Mind the Graph — онлайн-сервис «drag-and-drop» для инфографики и графических абстрактов с 75 000+ научных иллюстраций в 80+ областях
BioRender — веб-приложение с тысячами научных иконок и шаблонов по 30+ направлениям для создания публикационно-качественных рисунков. Более 2.5 млн учёных и 1 500 организаций используют BioRender для публикаций и презентаций
Information Is Beautiful — независимое творческое объединение под руководством Дэвида МакКендлесса, создающее красивые инфографики и интерактивные визуализации. Миссия проекта – перевод сложных данных и концепций в storytelling, снижая необходимый уровень знаний в области для понимания сути исследования
BioArt NIAID — бесплатная коллекция из более 2 000 векторных иконок и иллюстраций для биомедицинских презентаций
SMART – Servier Medical Art — тысячи профессиональных медицинских элементов (анатомия, патология, оборудование) под лицензией CC BY 4.0 для научных публикаций и презентаций
BioIcons — библиотека свободных SVG-иконок для STEM с лицензиями CC0, CC BY-SA и MIT
SciDraw — сообщество CC BY-иллюстраторов, где собраны векторные рисунки животных, лабораторного оборудования и биологических объектов с DOI для цитирования
Open Science Art — иконки, 3D-модели и иллюстрации для научной коммуникации в STEM без коммерческих ограничений
Mind the Graph — онлайн-сервис «drag-and-drop» для инфографики и графических абстрактов с 75 000+ научных иллюстраций в 80+ областях
BioRender — веб-приложение с тысячами научных иконок и шаблонов по 30+ направлениям для создания публикационно-качественных рисунков. Более 2.5 млн учёных и 1 500 организаций используют BioRender для публикаций и презентаций
Information Is Beautiful — независимое творческое объединение под руководством Дэвида МакКендлесса, создающее красивые инфографики и интерактивные визуализации. Миссия проекта – перевод сложных данных и концепций в storytelling, снижая необходимый уровень знаний в области для понимания сути исследования
❤10🔥5👍4👀1
Design patterns — это формализованные, многократно проверенные решения типовых задач проектирования ПО. Проще говоря, это "шаблоны", описывающие, как органично организовать код в тех или иных ситуациях, не изобретая каждый раз велосипед
Оказывается, идея паттернов пришла в программирование из архитектуры — Кристофер Александер занимался изучением «живых» элементов функционализма и искал закономерности. В 1977 году он выпустил трёхтомник A Pattern Language: Towns, Buildings, Construction, в котором описал паттерны как элементы ориентированного графа: высшие паттерны определяют планировку кварталов, а низшие — расположение комнат и деталей интерьера
К концу 1980-х идеи Александера проникли в сообщество Smalltalk-разработчиков, а в 1994 году легендарная "Банда четырёх" системно описала 23 базовых паттерна, ставших классикой разработки ПО. Они дали каждому паттерну единый формат описания, что позволило программистам всего мира эффективно создавать архитектуру приложений вне зависимости от используемого языка
Оказывается, идея паттернов пришла в программирование из архитектуры — Кристофер Александер занимался изучением «живых» элементов функционализма и искал закономерности. В 1977 году он выпустил трёхтомник A Pattern Language: Towns, Buildings, Construction, в котором описал паттерны как элементы ориентированного графа: высшие паттерны определяют планировку кварталов, а низшие — расположение комнат и деталей интерьера
К концу 1980-х идеи Александера проникли в сообщество Smalltalk-разработчиков, а в 1994 году легендарная "Банда четырёх" системно описала 23 базовых паттерна, ставших классикой разработки ПО. Они дали каждому паттерну единый формат описания, что позволило программистам всего мира эффективно создавать архитектуру приложений вне зависимости от используемого языка
🔥7❤4👍1🤯1
В 2009 году в Cell была опубликована полезная статья о том, как выбирать хорошие научные проблемы. Думаю, лучше сформулировать тезисно:
Существуют 2 оси выбора проблемы:
После применения принципа Парето к пространству задач, остаются лишь "лучшие" из них (рис. 1)
Лаборатория — воспитательная среда, а не конвейер статей. От принятых в группе ценностей напрямую зависит не только число публикаций, но и профессиональный рост студентов
Существуют 2 оси выбора проблемы:
Реализуемость — насколько реально решить задачу с учетом навыков, оборудования и времени
Интерес — насколько большой научный вклад следует из решения проблемы
После применения принципа Парето к пространству задач, остаются лишь "лучшие" из них (рис. 1)
Правило трех месяцев — не приступайте к экспериментам, пока не проанализируете литературу, не обсудите идею и не спланируете проект минимум в течение трех месяцев
Наука растёт из внутреннего интереса — слушайте себя, а не только "моду" грантов и кафедр
Если проект застопорился, не бойтесь переключиться на смежную проблему — так рождаются идеи и формируется культура научного поиска (рис. 2)
🔥7❤1👍1