#нетленка

Мы уже писали про некогда существовавший, а потом уничтоженный сатирический канал "Шварценгольд", иронично и хлестко описывавший быт и нравы вымышленного университета ГУКУ, да так, что, похоже, некоторые узнали в героях себя.
Ведение этого канала стоило автору работы - после деанона его уволили из небезызвестного университета на юге России (подробности по ссылке), как говорят, решение принимал чуть ли не ректор лично. Дело было ещё в 2020 году.

Пепел Шварценгольда стучит в наше сердце. Добрые люди перезалили старые посты в канал @shvartzarchive - наслаждайтесь. Если вдруг там не весь архив нетленки и есть что добавить, админы вроде как запилили бот для обратной связи.

Рукописи не горят.

P.S. А если аффтар оригинального канала живой и нас читает, будем рады пообщаться в ЛС. Просто за жизнь.

#обозревая_происходящее

Важные новости в части регуляторики образования: принят закон, согласно которому дистанционное обучение медиков и фармацевтов запрещается (кроме случаев, определенных ФГОСами и типовыми программами ДПО).

Новость замечательная, и тут нашим законодателям реально стоит сказать большое человеческое спасибо. Потому что даже на фоне общей махновщины с платным ВО и, в особенности, с ДПО, где зачастую ни о какой учебе речи не идет, а дипломы с сертификатами фактически просто продаются, это было явно ту мач. Фиг с ними, со всякими маркетологами, манагерами и специалистам по связями с общественностью, но "учить" так врачей - это своими руками закладывать под здравоохранение бомбу замедленного действия.

Штош, ждем закрытия кучи мутных ДПОшных контор, а заодно и нескольких специальностей в частных вузах (в том числе в том, который физически находится к Кремлю ближе всего). А также, разумеется, воя, плача и скрежета зубовного от тех, кто привык просто покупать себе нужные сертификаты онлайн.

#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция

Известно, что наши геномы по большей части различаются однонуклеотидными вариантами, и в среднем геном любого человека содержит около 4-5 миллионов таких замен, отличающих его от некоего универсального референса. Конечно, далеко не все эти варианты функциональны, и нам очень хочется уметь находить среди них биологически значимые.

Стандартный для этого подход - полногеномный поиск ассоциаций со всевозможными фенотипами, требующий сотни и тысячи образцов. Но даже если мы набрали достаточную статистику и получили значимо ассоциированные варианты, большинство из них локализуется в некодирующих областях генома и порождает больше вопросов, чем ответов. Как все-таки эти замены связаны с фенотипом?

Именно для таких случаев спасением становится аллель-специфичный анализ, заключающийся в сравнении сигнала любого высокопроизводительного эксперимента, будь то секвенирование РНК, открытого хроматина или покрытых белками участков ДНК, между альтернативными аллелями гетерозиготных вариантов. Так, если на одной из гомологичных хромосом замена нуклеотида приводит к изменению доступности данного участка хроматина, значит, эта позиция важна, и аллель-специфичный анализ на это укажет. При этом подобный анализ сразу указывает на функциональность варианта (меняет ли он экспрессию, связывание факторов транскрипции и так далее) и не требует сотен образцов, достаточно нескольких реплик.

Биологи из Института белка #РАН (Пущино), ИОГен РАН (Москва), с ФББ МГУ и из университета Сириус разработали и протестировали новый инструмент MIXALIME, позволяющий любому исследователю, имеющему на руках результаты высокопроизводительных экспериментов, провести аллель-специфичный анализ с использованием наиболее подходящей статистической модели, учитывающей овердисперсию данных и плоидность образцов.

Более того, они сами проанализировали данные более 5 тысяч экспериментов по доступности хроматина в разных тканях и клеточных линиях человека, чтобы составить базу данных UDACHA, включившей более 100 тысяч аллель-специфичных вариантов.

Результаты опубликованы в Nature Communications (IF = 14.7)

https://www.nature.com/articles/s41467-024-55513-2

#зоопарк_из_слоновой_кости

Жизненное: тебе прислали диссер на оппонирование и, чтобы отправить отзыв вовремя, ты таскаешь этот увесистый и здоровенный кирпич в рюкзаке все время. Так точно фиг забудешь

#кросскультурная_коммуникация

У авторитетного среди медийщиков/копирайтеров всея Руси Максима Ильяхова (бывший редактор "Кода" Яндекса, "Т-Ж" Тинькофф банка, соавтор культовой книги "Пиши сокращай") вышла забавная заметка-наблюдение о фотографиях из лабораторий: они не впечатляют, потому что в них ни хрена не понятно. Все картинки на нейросетях, чтобы подчеркнуть абсурдность: https://visual-storytelling.ru/all/lab-unimpressed/

Вряд ли кого это остановит от картинок в духе "салат, ты такой смешной" - #асы_пиара верны себе. Но вдруг?

#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция

Накопление в организме человека упорядоченных белковых агрегатов, амилоидных фибрилл, связанно с тяжелыми неизлечимыми болезнями. В последние годы внимание исследователей привлекла возможность использования в качестве потенциальных амилоид-деградирующих агентов различных лизосомальных протеаз.

Свежая работа коллег из Института цитологии #РАН (Санкт-Петербург) - как раз об этом. Коллеги изучили влияние одного из лизосомальных ферментов, аспартилпротеазы катепсина D (CTSD), на амилоидные фибриллы, накапливающиеся при инсулиновом и системном лизоцимовом амилоидозах, а также нейродегенеративных болезнях Альцгеймера и Паркинсона.
Стало ясно, что CTSD вызывает фрагментацию всех исследованных типов амилоидов путем нарушения водородных связей между бета-тяжами, образующими остов фибриллы. Более того, размер, структура и свойства продуктов деградации амилоидов свидетельствуют о возможном участии CTSD в быстром накоплении и распространении патологических амилоидов между здоровыми клетками и тканями.

Все это говорит о том, что стимулирование иммунного ответа (при иммунотерапии), приводящее к неконтролируемому воздействию ферментов на амилоиды, может привести к непредсказуемым последствиям и усугубить патологическое состояние.

Работа опубликована в International Journal of Biological Macromolecules (IF = 7.7)

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S014181302501520X

#дорогая_редакция

Нам пишут:

Здравствуйте, уважаемые смотрители! Давно хочу задать вопрос, вы можете рассказать про ситуацию с общежитиями РАН в Москве?
Суть проблемы состоит в том, что общежития эти (в первую очередь на ул. Дмитрия Ульянова, д. 5) после некоторых событий, происходивших примерно в 2018 году, переквалифицировали в гостиницы и сказали, что они должны приносить прибыль. Такое пожелание отразилось в том, что цена аренды начала экспоненциально расти. По состоянию на сегодняшний день цена за койко-место стоит порядка 11к в трёхместной комнате в месяц (для аспирантов, а для сотрудников 15к), а если ты вдруг возомнил себя барином и решил в 23+ лет жить один, то будь добр, выкупай все места в комнате. Это приводит к тому, что многие аспиранты снимают квартиры/комнаты в обычных домах, потому что это банально дешевле, чем жить в этом общежитии (не говоря уже о приводе гостей, противопожарной безопасности (не включайте чайник в розетку, а то вся проводка сгорит) и т.д. и т.п). Можете ли Вы рассказать конкретику по данной ситуации? Что произошло в том 2018? Информации очень мало, приходится собирать по крупицам, может, вам известно больше? Спасибо!

Мы не в курсе, что произошло в 2018м и как там обстоят дела вообще, поэтому просим помощь зала. Но в любом случае 33 тыр за комнату, пусть и в хорошем районе - это и близко не похоже на вменяемый вариант, за эти деньги гораздо проще снять напополам с коллегой двушку в Беляево или Коньково и косплеить Холмса с Ватсоном. И если все реально так, как указано выше, то логичный вопрос, на кой черт нужна такая заботушка в виде якобы служебного жилья и зачем государству в этом участвовать.

В общем, кто что знает, пишите в комменты или в ЛС, интересно

#конференции

Что: II Симпозиум "Структура почв, пород и грунтов: актуальные исследования, теория и практика – 2025"

Где: Москва, Почвенный институт им. Докучаева

Когда: 29 мая 2025

Когда дедлайн: 29 апреля 2025

Подробности и ссылка на регистрацию: тут

#обозревая_происходящее

⚡️РНФ выложил итоги региональных конкурсов (100 и 101).

«Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами» (региональный конкурс) (он же 100)


Конкурс по приоритетному направлению деятельности РНФ «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами» (региональный конкурс) (он же 101)

#обозревая_происходящее

⚡️РНФ выложил итоги еще трех конкурсов:

«Проведение исследований на базе существующей научной инфраструктуры мирового уровня» (108)

«Проведение исследований научными лабораториями мирового уровня в рамках реализации приоритетов научно-технологического развития Российской Федерации» (107)

«Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований по поручениям (указаниям) Президента Российской Федерации» (генетические исследования) (106)

#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция

Бактериофаги - вирусы, заражающие бактериальные клетки. Чтобы противодействовать этому, бактерии выработали свои механизмы защиты. Самый распространенный вариант - системы рестрикции-модификации (R-M) и CRISPR-Cas, но есть и другие, более редкие и малоизученные (и их несколько сотен!) - например, BREX, которая использует модификацию собственной ДНК для отличения ее от ДНК вирусов.

Ученые из Сколтеха (Лаборатория анализа метагеномов) совместно с коллегами из Великобритании изучили метилтрансферазу BREX системы и смогли изменить ее специфичность к ДНК сайтам. Это позволило значительно усилить антивирусную защиту.

Интересно здесь то, что метилтрансфераза BrxX оказалась неактивной in vitro и in vivo, а "запускалась" только в условиях сборки крупного BREX комплекса - с точки зрения механизма это принципиальное отличие от "простых" R-M систем.

Работа вышла в Nature Communications (IF = 14.4); как и многие хорошие исследования, она была поддержана РНФ

#обозревая_происходящее

НЦМУ reloaded

Итак, судя по документам с сайта, Минобрнауки перезапускает программу научных центров мирового уровня, они же НЦМУ – но там есть много нового и непривычного. Похоже, что этот конкурс решили серьезно переделать с учетом новых реалий. Что мы видим:

– Центр создаётся для разработок, развития и внедрения технологий - то есть в проекте программы прописывается конкретная технология, которую надо получить на выходе, и этапы, как это будет делаться. На выходе должно быть УГТ от 6 и выше (в случае гуманитарных наук – "исследования, внедрение которых будет иметь высокий социальный и социально-экономический эффект").

– образовательный блок исключен из рассмотрения практически полностью. Единственная оговорка – можно тратить деньги на стажировки и ДПО. В KPI ничего по образованию нет.

– KPI –доходы от РИДов, заявки на РИДы, количество организаций реального сектора, с которыми есть соглашения об использовании результатов, внебюджетное финансирование. Из привычных цифорок остались публикации, но в приоритете – первый и второй уровни Белого списка плюс "конференции уровня А",

– более жесткие требования ко внебюджету (в 2025 г. допускается 10%, в 2026 – 20%, дальше идет +5% каждый год, так что к 2030-му должно быть уже 40%).

В общем и целом, логика понятна – "стране нужны паровозы, нам нужен металл", и в данном случае это не вызывает никакой идиосинкразии. Потому что декларируемые цели по НЦМУ, вообще говоря, всегда были ровно теми же, но по факту многие участники этого забега воспринимали это просто как еще один возможный источник денег. Штош, иногда полезно возвращацца с небес на грешную Землю, так что идея, как нам кажется, здравая.

P.S. А еще надеемся, что эта затея в будущем сменит имя. Нет, наш Зоопарк уже привык к самым разным чудесам нейминга (с БДРДНО мало что сравнится, аур персонал фэйворит), но само словосочетание "центр мирового уровня" в (само)названии отдает тем, о чем мы тут недавно писали – футболочкой с надписью "будущее российской науки". Ну или это нам так кажется.

Понятно, что как вы яхту назовете, так она на бюджетку и уйдет, но все-таки – поменьше бы колоритных аббревиатур типа взбзд БДРДНО, потому что иногда возникает устойчивое ощущение, что иногда у нас что-то не получается именно по этой причине.

#Иркутск #наука

По сети распространяется мистификация-фейк об открытии нового вида байкальских рыб

Пресса сегодня сообщает о том, что иркутские учёные якобы "нашли неизвестную науке слепую призрачную рыбу" (об этом пишет, например, lenta.ru).

Комментирует Максим Тимофеев, директор Института биологии ИГУ:


1. Начнём с того, что никакого «Института биологии Иркутского научного центра СО РАН» в природе не существует. Есть наш Институт биологии ИГУ (он находится вне системы РАН). Еще когда-то существовал отдельный Иркутский научный центр СО РАН, который давно ликвидирован и присоединён к ФИЦ «Иркутский институт химии имени А. Е. Фаворского СО РАН».

2. С упомянутым «доктором биологических наук Алексеем Сергеевичем Ковалёвым» ни я лично, ни кто-либо из моих коллег не знакомы. Ни в нашем институте, ни вообще в Иркутске такого учёного-ихтиолога нет.

3. Про байкальскую «тёмную рыбу» тоже никакой информации нет. Я специально связывался с коллегами-ихтиологами из Лимнологического института СО РАН — они также ничего не слышали об этом открытии.

4. И наконец, упомянутые в новостных лентах глубоководные аппараты «Мир-2» последний раз погружались в озеро Байкал ровно 15 лет назад, в 2010 году. Где они находятся сейчас и какие глубины мирового океана исследуют, мне неизвестно. Надеюсь, что они продолжают бороздить глубины мирового океана на благо российской науки.

Как хотелось бы, чтобы новостные порталы, особенно федерального уровня, проводили хотя бы минимальный фактчекинг, прежде чем распространять фейковые новости на весь мир.
Но, увы, что имеем то и пользуем.
Иногда поправляем в ручном режиме

#зоопарк_одобряет

У «Ъ-науки» вышло большое интервью о GENA и биоинформатике с Вениамином Фишманом, доктором биологических наук, ведущим научным сотрудником группы «Биоинформатика» Института AIRI и Института цитологии и генетики СО РАН.

Фишман подробно рассказывает о первой российской нейросетке, обученной обрабатывать длинные последовательности ДНК. Разработчики GENA обучили нейросетевую модель на полной сборке генома человека и выложили ее в открытом доступе. За это время GENA из одной модели стал «семейством», а в конце января ученые AIRI опубликовали статью о разработке в Nucleic Acids Research (IF 16.6).

GENA уже сейчас способна обрабатывать входные данные длиной до 36 000 пар оснований, и благодаря интеграции недавно разработанного механизма рекуррентной памяти этот показатель можно еще нарастить.

Для интересующихся разработкой уже открыт веб-сервис https://dnalm.airi.net, в который можно ввести последовательность ДНК и получить несколько типовых аннотаций, чтобы прикинуть, насколько такой инструмент может вам вообще пригодиться. Чтобы выжать максимум функционала, потребуются навыки программирования и биоинформатики, но в целом все модели максимально упрощены в использовании. Все необходимое лежит в репозиториях на платформах Hugging Face и GitHub.

Читать тут: https://www.kommersant.ru/doc/7550813

#конференции

Что: Всероссийская конференция с международным участием "Морская биология в 21 веке"

Где: Владивосток, Национальный научный центр морской биологии им. А.В. Жирмунского ДВО РАН

Когда: 25-26 сентября 2025

Когда дедлайн: 15 мая 2025 - окончание приема тезисов докладов

Подробности на сайте

#обозревая_происходящее

На этой неделе продолжились голодные игры, на этот раз в части передовых инженерных школ. До "Приоритета" очередь еще не дошла, а защищались программы 20 ПИШей "второй волны" (первые 30 будут слушать, судя по всему, уже в апреле, но это не точно).

Сразу скажем: у нас к этой программе теплых чувств больше, чем к "Приоритету", в том числе и по той причине, что цена входного билета для вузов (в смысле обязательств вступить в оооочень близкие и теплые отношения с индустриальным партнерами) тут была выше. С одной стороны, это отсекло многие классические университеты (что не так хорошо), с другой - не дало ректорам по привычке улететь в "о, еще один клончик топ-5-100 подъехал, гуляем на все". Меньше инфоцыганства, меньше трат денег на странное и, last but not least, отсутствие выездных экспертов, которые при прежнем руководстве в "Приоритете" местами вели себя в духе... впрочем, это отдельная тема.

Итак, по слухам:

-защиты прошли жестко, с множеством конкретных и весьма неприятных вопросов. Традиционное "мы закажем корректировку программы развития у визионеров и проведем стратсессию" не катит. Некоторым было больно - ничего, как говорили евнухам в Османской империи, до свадьбы заживет,

-из вузов, которые хвалили, слухи ходят про Рыбинск (привет, авиастроение), МИЭТ (успешный заход на создание отечественных САПР для проектирования электронно-компонентной базы), МИРЭА (тут целая пачка партнеров, в основном "почтовые ящики", перечислять которые не будем),

-была интрига - как пройдет защита ПИШа МГУ. Понятно, что эти мастодонты привыкли к особому положению, но коль скоро они вписались в общий конкурс, отвечать придется на равных - и многие ждали этого с интересом.

-в командах, выходивших на защиту, были пресловутые представители индустриалов, причем не пешки, и это было отмечено министрами (не Минобром единым, это в значительной степени поляна Минпромторга),

Есть мнение, что новым ПИШ будет сложнее, ибо планка поднялась. Отдельный вопрос - разрешат ли в итоге вузам брать по два ПИШа, потому что: а) некоторые университеты это точно бы потянули, б) число крутых технических вузов в стране не безгранично, и лучше прокачивать сильных, чем тянуть за уши в программу тех, кто явно к ней не готов.

В общем, смотрим на это все с осторожным оптимизмом. Как уже сказано выше, ПИШ отличается от многих былых "программ развития" большей конкретностью (с другой стороны - инженеры же, логично). А что будет дальше, как обычно, покажет время (с)