Помните чудесную Элисон Грини из лаборатории Джесси Блума, которая картировала мутации в RBD спайка? Вот что ученые написали в абстракте к своей январской работе:

Мутации, которые в наибольшей степени снижают связывание антител, обычно возникают только в нескольких сайтах в мотиве связывания рецептора домена RBD. Наиболее важным сайтом является E484: мутации в нем (в том числе та, которая присутствует в новых вирусных линиях в Южной Африке и Бразилии) снижают нейтрализацию некоторыми сыворотками более чем в 10 раз.

Мы думаем, что SARS-CoV2 c заменой в E484, позволяющей вирусу более успешно инфицировать переболевших и вакцинированных, в обозримом будущем станет новым основным штаммом, и вот почему:

В работе Persistent SARS-CoV-2 infection and increasing viral variants in children and young adults with impaired humoral immunity Детский госпиталь Лос-Анжелеса сообщает о 3 случаях персистенции SARS-CoV-2 у хозяев с ослабленным иммунитетом (пациенты с острым лимфобластным лейкозом ОЛЛ). Ученые предупреждают, что такие хозяева могут быть резервуаром для накопления мутаций и последующего появления новых штаммов с потенциалом уклонения от иммунных ответов.

1️⃣У девочки-дошкольницы с B-клеточным ОЛЛ ковид был диагностирован при выписке после химиотерапии. Желудочно-кишечные симптомы ковида наблюдались у ребенка на 3 день после первого ПЦР+, персистенция длилась 91 день с 1 теста.

2️⃣Юноше 20-25 лет за 7 месяцев до ковида был поставлен диагноз B-клеточный ОЛЛ, он прошел комбинированную химиотерапию, затем CAR-T. На осмотре через 3 недели после окончания CAR-T он был протестирован на ковид и получил ПЦР+, на 6 день после теста он был госпитализирован с симптоматикой ковида, к 18 дню ему потребовалась кислородная поддержка, он получил 2 5-дневных курса ремдесивира и был выписан на 45 день, но в дальнейшем пациента пришлось госпитализировать еще 4 раза, в том числе на 156 день ковида с падением сатурации до 80%. Со 103 дня болезни пациент получает реконвалесцентную плазму 1 раз в неделю или в 2 недели, на дату написания статьи (250 день болезни) его ПЦР-тесты все еще дают положительный результат.

3️⃣Мальчику-дошкольнику за 7 месяцев до ковида был поставлен диагноз B-клеточный ОЛЛ, он обратился в госпиталь с лихорадкой, был получен первый ПЦР+. Первая госпитализация длилась 6 дней, на 14 день болезни его пришлось госпитализировать повторно, к 32 дню пациенту потребовалась кислородная поддержка и был назначен 5-дневный курс ремдесивира. До 162 дня с начала болезни ПЦР-тесты ребенка давали положительный результат.

Мы нашли убедительные доказательства продолжающейся репликации и инфекционности в течение 162 дней с момента первоначального положительного результата по субгеномной РНК, одноцепочечной РНК и анализу вирусной культуры. Наши результаты показывают широкий спектр инфекционности, иммунных ответов хозяина и накопления мутаций, некоторые из которых имеют потенциал иммунного ускользания.

Особо следует отметить появление нескольких мутаций гена спайка, включая 3 делеции в остатках S:∆141-143, S:∆145 и S:∆141-144, делецию-вставку в S:∆211-212 и несколько несинонимичных мутаций, включая N440K, V483A и E484Q в остатках, в которых независимо друг от друга возникали мутации в других линиях.

Наши результаты подчеркивают необходимость переоценки мер инфекционного контроля при ведении и уходе за пациентами с ослабленным иммунитетом.

Как мы знаем, в большинстве стран никаких специальных мер инфекционного контроля в работе с пациентами с ослабленным иммунитетом не предпринимается.
Да что там, в России врачи и обычные меры снова отменили - ведь они все уже либо переболели, либо вакцинировались.

Это значит, что между популяцией и ускользающими мутантами типа южноафриканского и амазонского нет никаких барьеров - а возникают такие мутации, как мы видим, вовсе не разово и вовсе не случайно. Это не шанс - это система, так что готовьтесь, новые штаммы близко.