🔭 Всем привет! Мы немного отдохнули после запуска курса, а теперь восстанавливаем активность и продолжаем делиться с вами новостями из мира ML в биологии и биомедицины ☺️

Сегодня подобрали небольшой дайджест событий в сфере биотеха и IT, на которых можно получить полезные знания, познакомиться со специалистами из академии и индустрии и прокачать свои навыки в ML.

1️⃣ 19 марта | Семинар по МЛ в геномике: «Как функциональная геномика может помочь при исследовании эволюции?»

Уже завтра пройдет семинар для тех, кто хочет глубже разобраться в применении машинного обучения в биоинформатике и понять, как его используют в современной генетике. Это возможность дополнительно встретиться со спикером курса «Машинное обучение в биологии и биомедицине» Артёмом Касьяновым! Он расскажет, как современные омиксные технологии — RNA-seq, ChIP-seq, Hi-C — помогают исследовать эволюционные процессы, а также представит подходы, позволяющие анализировать экспрессию генов и выявлять события положительного отбора в популяциях.

2️⃣ 4–24 апреля | Дни компьютерных наук ФКН НИУ ВШЭ

Фестиваль объединяет студентов, преподавателей, исследователей и всех, кто интересуется IT. В программе — лекции, дискуссии, квизы и кинопоказы. Для тех, кто только начинает изучать машинное обучение, особенно полезными будут тренинги по ML и прикладному программированию. Это хорошая возможность не только освоить новые технологии, но и пообщаться с экспертами и представителями IT-компаний.

3️⃣ 16–17 мая | ML-конференция: от обучения до эксплуатации моделей (IML Conf)

Конференция ориентирована на практическое применение машинного обучения в самых разных сферах, включая медицину и биотех. В программе — доклады и мастер-классы по NLP, Computer Vision, Big Data, MLOps и другим ключевым темам. Участники смогут узнать, как организуется полный цикл работы с ML-моделями: от обучения до внедрения в реальный продукт. Для тех, кто только начинает разбираться в этой области, это возможность услышать реальные кейсы и познакомиться с профессиональным сообществом.

4️⃣ 21–23 мая | Саммит разработчиков лекарственных препаратов «Сириус.Биотех»

Саммит посвящен ключевым технологическим платформам разработки лекарств и последним трендам в биофармацевтике. Ведущие эксперты отрасли расскажут о современных подходах к созданию и производству препаратов, а также о возможностях карьерного роста в этой области. Для студентов и молодых ученых это не только шанс получить актуальные знания, но и возможность наладить контакты с потенциальными работодателями и партнерами.

⤵️Прошедшее, но полезное⤵️

5️⃣ IX Всероссийская конференция по ИИ в здравоохранении («ИТМ ИИ»)

Конференция собрала специалистов, работающих с искусственным интеллектом в медицине. В докладах обсуждались реальные кейсы внедрения ML-моделей в клиническую практику в РФ, а также вопросы регулирования и оценки качества ИИ-систем.

Записи докладов с конференции можно найти в свободном доступе во Вконтакте или на сайте ИТМ (нужна регистрация) — если вам любопытно, как именно новые технологии используются для анализа медицинских данных в настоящей врачебной практике, это отличная возможность погрузиться в тему.

#openbio_news

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu — подписывайтесь!

Сегодня отмечается Всемирный день воды — событие, привлекающее внимание к проблемам экологии океанов и ледников. Современные технологии сбора данных, включая спутниковые наблюдения, акустические системы и генетический анализ, генерируют огромные массивы информации. Для их обработки используются машинное обучение и искусственный интеллект, которые стали важными инструментами в морской экологии.

➡️ Сегодня рассмотрим, как методы ML помогают анализировать информацию о физических процессах и биоразнообразии мирового океана.

🌊 Применение машинного обучения в морской экологии

🔷 Обработка изображений и видео с помощью сверточных нейросетей (CNNs) позволяет автоматически идентифицировать морские организмы, картировать донные экосистемы и обнаруживать пластиковый мусор. При этом сложность анализа данных возрастает из-за большого разнообразия объектов: для планктона важна точность детекции среди водной толщи, а для анализа бентоса — способность выделять организмы на сложном фоне морского дна.

🔷 Машинное обучение также автоматизирует анализ акустических данных. Поскольку звук проникает сквозь воду лучше, чем свет, он широко используется для подводных измерений. В глубоких нейросетях акустические сигналы часто преобразуются в спектрограммы и анализируются так же, как изображения.

🔷 В области экологической геномики ИИ помогает анализировать данные о ДНК, извлекаемой из морской воды, что позволяет отслеживать состав микробных сообществ. Генетическая информация охватывает целые экосистемы, а современные алгоритмы выявляют таксономические группы и сопоставляют их с географическим расположением, что открывает новые возможности для мониторинга биоразнообразия.

🔷 Спутниковые данные и эхосигналы, обработанные ML-моделями, используются для составления карт биогеографических зон, оценки состояния коралловых рифов и анализа донных осадков.

🔷 В рыболовстве машинное обучение помогает отслеживать популяции рыб и предсказывать их миграцию, сочетая экологические и экономические факторы в предсказательных моделях. Это важно и для отслеживания популяций рыб в природе, и для организации эффективного, но безопасного для экосистемы промышленного рыболовства.

🧊 Задачи гляциологии (науки о ледниках)

🔷 Картирование ледников сталкивается с трудностями из-за изменяющихся климатических условий и различий в данных, полученных с разных спутников. Однако ML-модели, комбинирующие многолетние разнородные данные, позволяют более точно анализировать эволюцию ледников.

🔷 Дифференциация льда и снега, а также моделирование динамики льдов пока находятся на ранней стадии развития в ИИ-исследованиях, но уже сейчас разработанные алгоритмы демонстрируют высокую точность.
Например, ученые Университета Лозанны создали модель глубокого обучения, которая позволила предсказывать толщину ледников с разрешением 300 метров, что в несколько раз превосходит точность предыдущих методов.

Машинное обучение радикально меняет морскую науку, позволяя анализировать огромные массивы данных. К сожалению, чем больше мы узнаем с помощью новых технологий, тем более тревожной становится картина. Анализ с использованием ИИ показывает, что состояние ледников и океанов ухудшается быстрее, чем предполагалось ранее. Человеческая деятельность ускоряет процессы, ранее считавшиеся стабильными. Новые инструменты не только дают нам беспрецедентные возможности оценить масштаб разрушений, но и требуют от нас решительных действий.

#openbio_ml #openbio_science

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu — подписывайтесь!

Всем приятной и продуктивной пятницы! ↗️

Чтобы немного переключиться после насыщенной рабочей недели и одновременно занять ум чем-то полезным, предлагаем вам освежить знания о сфере машинного обучения. Мы подготовили наглядную схему, где собраны самые популярные методы, применяемые в биомедицинских исследованиях.
Схема может быть полезна и как шпаргалка, и как точка старта, если хочется углубиться в тему.

Сколько из них вы уже пробовали на практике? А если МЛ пока не ваш основной инструмент — какие из подходов зацепили или вдохновили?

#openbio_ml

📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu — подписывайтесь!