@coronamed

Продолжаем мутации 101

Здесь и здесь были некоторые факты, теперь некоторые гипотезы о том, как может развиваться наша гонка вооружений с ковидом, а потом расскажем про мутацию N501Y в Англии и ЮАР.

Вот кое-что из википедии:
Чёрный ящик — термин, используемый для обозначения системы, внутреннее устройство и механизм работы которой очень сложны, неизвестны или не значимы в рамках данной задачи. «Метод чёрного ящика» — метод исследования таких систем, когда вместо свойств и взаимосвязей составных частей системы, изучается реакция системы, как целого, на изменяющиеся условия. Подход чёрного ящика сформировался в точных науках в 1920—1940-х годах и был заимствован другими науками.

Представим, что для коронавируса человеческая популяция является черным ящиком: как система мы реагируем на входящее воздействие тем или иным образом, а на выходе вирус получает результаты, которые оценивает как более выгодные или менее выгодные для себя (на самом деле, оценивает, конечно, не сам вирус, а естественный отбор, который поощряет штаммы с наибольшим R).

Самые разные события внутри ящика (рост иммунной прослойки за счёт переболевших, вакцинация, сокращение контактов и даже массовые смерти) на выходе выглядят для вируса одинаково: существенно снизилось число новых хозяев, на которых штамм может перейти в каждом случае, упало число R, беда!

Возникает эволюционное давление на вирус.

Представим R как число контактов переносчика с восприимчивыми сородичами в единицу времени, среднее по популяции (A), умноженное на период, в течение которого переносчик контактирует с сородичами (B), умноженное на индекс контагиозности вируса attack rate — процент заболевших от числа контактировавших с переносчиком (C).

Людям проще всего 🔹влиять на А: ограничительные меры сокращают число контактов — A снизилось, популяция болеет и получает иммунитет — А снизилось, люди массово вакцинируются — А снизилось. Мы также можем 🔹влиять на B (например, отслеживание и изоляция контактных могут снизить B до ноля, поэтому подход так волшебно работает), и очень опосредованно можем пытаться 🔹нейтрализовать C (те самые намордники, которые снижают вирусную нагрузку в выдохе, задерживая часть вирионов).

Чем же отвечает вирус?

🔸Он может влиять на А (число восприимчивых контактов каждого индексного случая). Для этого нужен мутант, который ускользнет от иммунной защиты переболевших и вакцинированных — отобрать такую мутацию сложно, но игра может стоить свеч: для успешного ускользнувшего мутанта (escape mutant) популяция снова превратится в иммунологически наивную целину.
По некоторым недавно вышедшими публикациям можно сделать вывод, что SARS-CoV2 работает в этом направлении. Инкубатором для выведения нужного мутанта могут стать пациенты с ослабленной иммунной системой — такой мутант может появиться, например, в стационаре, доме престарелых, лечебнице и далее выйти в массы, например, через медперсонал, не соблюдающий меры безопасности. В роли инкубатора могут выступить и животные, зараженные человеком и потом вернувшие ему мутанта: вспомним ютландских норок и Кластер 5.
Стоит упомянуть, что некоторые вирусы могут влиять на A и с другой стороны, оказывая воздействие на ЦНС и эндокринную систему и делая инфицированного более социально активным — мы не знаем, есть ли у SARS-CoV2 такой потенциал, но он проникает в ЦНС и по-видимому может преодолевать гематоэнцефалический барьер.

продолжение

Telegram

@coronamed

Мы знаем, что мутации SARS-CoV2 — ночной кошмар многих людей. Как вообще отличить значимые новости о мутациях от хайпа? На что настраиваться в 2021?

Хорошо, когда тебе глубоко за 70 и твои представления об эволюции вирусов крутятся вокруг закона снижающейся…

www.group-telegram.com/hk/coronamed.com/932

1.7K viewsedited  Dec 19, 2020 at 08:19

Продолжаем мутации 101

Здесь и здесь были некоторые факты, теперь некоторые гипотезы о том, как может развиваться наша гонка вооружений с ковидом, а потом расскажем про мутацию N501Y в Англии и ЮАР.

Вот кое-что из википедии:
Чёрный ящик — термин, используемый для обозначения системы, внутреннее устройство и механизм работы которой очень сложны, неизвестны или не значимы в рамках данной задачи. «Метод чёрного ящика» — метод исследования таких систем, когда вместо свойств и взаимосвязей составных частей системы, изучается реакция системы, как целого, на изменяющиеся условия. Подход чёрного ящика сформировался в точных науках в 1920—1940-х годах и был заимствован другими науками.

Представим, что для коронавируса человеческая популяция является черным ящиком: как система мы реагируем на входящее воздействие тем или иным образом, а на выходе вирус получает результаты, которые оценивает как более выгодные или менее выгодные для себя (на самом деле, оценивает, конечно, не сам вирус, а естественный отбор, который поощряет штаммы с наибольшим R).

Самые разные события внутри ящика (рост иммунной прослойки за счёт переболевших, вакцинация, сокращение контактов и даже массовые смерти) на выходе выглядят для вируса одинаково: существенно снизилось число новых хозяев, на которых штамм может перейти в каждом случае, упало число R, беда!

Возникает эволюционное давление на вирус.

Представим R как число контактов переносчика с восприимчивыми сородичами в единицу времени, среднее по популяции (A), умноженное на период, в течение которого переносчик контактирует с сородичами (B), умноженное на индекс контагиозности вируса attack rate — процент заболевших от числа контактировавших с переносчиком (C).

Людям проще всего 🔹влиять на А: ограничительные меры сокращают число контактов — A снизилось, популяция болеет и получает иммунитет — А снизилось, люди массово вакцинируются — А снизилось. Мы также можем 🔹влиять на B (например, отслеживание и изоляция контактных могут снизить B до ноля, поэтому подход так волшебно работает), и очень опосредованно можем пытаться 🔹нейтрализовать C (те самые намордники, которые снижают вирусную нагрузку в выдохе, задерживая часть вирионов).

Чем же отвечает вирус?

🔸Он может влиять на А (число восприимчивых контактов каждого индексного случая). Для этого нужен мутант, который ускользнет от иммунной защиты переболевших и вакцинированных — отобрать такую мутацию сложно, но игра может стоить свеч: для успешного ускользнувшего мутанта (escape mutant) популяция снова превратится в иммунологически наивную целину.
По некоторым недавно вышедшими публикациям можно сделать вывод, что SARS-CoV2 работает в этом направлении. Инкубатором для выведения нужного мутанта могут стать пациенты с ослабленной иммунной системой — такой мутант может появиться, например, в стационаре, доме престарелых, лечебнице и далее выйти в массы, например, через медперсонал, не соблюдающий меры безопасности. В роли инкубатора могут выступить и животные, зараженные человеком и потом вернувшие ему мутанта: вспомним ютландских норок и Кластер 5.
Стоит упомянуть, что некоторые вирусы могут влиять на A и с другой стороны, оказывая воздействие на ЦНС и эндокринную систему и делая инфицированного более социально активным — мы не знаем, есть ли у SARS-CoV2 такой потенциал, но он проникает в ЦНС и по-видимому может преодолевать гематоэнцефалический барьер.

продолжение

BY @coronamed