Telegram Group Search
🔹روز دوم از آموزش‌های OMICS

Telegram | LinkedIn | Instagram
🟢 First CB Code Roundtable 🟢

شاخه‌ی دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران با همکاری پلتفرم آنلیم، آبان ماه ۱۴۰۳ مسابقه CB Code را با هدف تمرین برنامه‌نویسی و استفاده کاربردی از اطلاعات زیست‌شناسی برای علاقمندان و فعالان حوزه زیست محاسباتی برگزار کرد.

هدف اصلی برگزاری این مسابقات، افزایش شور و نشاط در بدنه دانشجویان ایران، و آشنایی بیشتر افراد و علاقه‌مندان حوزه مهندسی و زیست‌شناسی است.

به همین منظور، دهم فروردین ماه جلسه‌ای برای بررسی سوالات و سبک مسابقه CB Code به‌صورت آنلاین برگزار خواهد شد.

🔗 لینک ثبت‌نام در این رویداد به زودی در همین کانال منتشر خواهد شد.
RSG - Iran pinned a photo
🔵 روز سوم: مولتی اُمیکس

Telegram | LinkedIn | Instagram
برای شرکت در نشست بررسی سوالات اولین سری مسابقه CB Codeمی‌توانید از طریق لینک درج شده به‌صورت مهمان وارد این نشست شوید.
🔗 شرکت به‌صورت مهمان

Telegram | LinkedIn | Instagram
RSG - Iran pinned a photo
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
🌀بررسی سوالات اولین سری مسابقه CB Code

💻قسمتی از ارائه بخش کدنویسی از نشست بررسی سوالات اولین سری مسابقه CB Code

🔹برای ورود به صورت مهمان کلیک کنید
Telegram | LinkedIn | Instagram
🧪 Computational Pharmacology, Drug Discovery & Toxicology

🔹 حوزه داروشناسی محاسباتی، علوم کامپیوتر، شیمی و زیست‌شناسی را برای تسریع کشف دارو و ارزیابی سمیت ادغام می‌کند. این رویکرد بین‌رشته‌ای از یادگیری ماشین و سایر روش‌های محاسباتی برای تجزیه و تحلیل مجموعه‌داده‌های وسیع اطلاعات شیمیایی و بیولوژیکی استفاده می‌کند.

🔹 این روش‌ها، از جمله یادگیری ماشین (ML)، یادگیری عمیق (DL) و رابطه کمی ساختار-فعالیت (QSAR)، اثربخشی و سمیت دارو را با شناسایی الگوها در ساختارهای مولکولی و فعالیت‌های بیولوژیکی پیش‌بینی می‌کنند. پیش‌بینی زودهنگام سمیت یک کاربرد کلیدی است که محققان را قادر می‌سازد تا ترکیبات مضر را در مراحل اولیه توسعه حذف کنند.

🔹 پایگاه‌های داده‌ای مانند TOXRIC و ابزارهای مبتنی بر وبِ مختلف، دسترسی به داده‌های سم‌شناسی گسترده را فراهم می‌کنند و از توسعه مدل‌های پیش‌بینی دقیق و تصمیم‌گیری آگاهانه در کشف دارو پشتیبانی می‌کنند.

🔹 از جمله پایگاه داده‌هایی که به طور گسترده در داروشناسی محاسباتی برای کشف دارو و سم‌شناسی استفاده می‌شوند:

📎پایگاه داده‌ی TOXRIC؛ یک پایگاه داده جامع حاوی داده‌های سم‌شناسی برای بیش از ۱۱۳۰۰۰ ترکیب در ۱۳ دسته سمیت و ۱۴۷۴ نقطه پایانی، از جمله ابزارهای تجسم و معیارهای معیار

📎پایگاه داده‌ی DrugBank؛ یک پایگاه داده شناخته شده جهانی با اطلاعات دقیق در مورد داروها، اهداف آنها، خواص دارویی و مکانیسم‌های عمل

📎وب‌سایت NCATS Inxight: Drugs؛ ارائه داده‌های تنظیم‌شده در مورد داروهای تجویزی تایید شده در ایالات متحده، مداخلات تحقیقاتی و داروهای عرضه شده در سطح جهانی، از جمله اطلاعات دقیق در مورد اهداف مولکولی، داروشناسی، بیماری‌های درمان شده و کاربردهای خارج از دستور،

📎 بانک اطلاعات پروتئین (PDB)؛ که بیش از ۸۱۰۰۰ ساختار پروتئینی تعیین شده از طریق کریستالوگرافی اشعه ایکس یا طیف سنجی NMR را در خود جای داده است، که برای پروژه‌های طراحی دارو مبتنی بر ساختار ضروری است.

🔗 Telegram
🔗 LinkedIn
🔗 Instagram
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
🌀بررسی سوالات اولین سری مسابقه CB Code

💻قسمتی از ارائه بخش زیست شناسی از نشست بررسی سوالات اولین سری مسابقه CB Code

🔹برای ورود به صورت مهمان کلیک کنید
Telegram | LinkedIn | Instagram
🖥 Algorithmic, Theoretical & Mathematical Bioinformatics & Bio-inspired Computing

🔹 بیوانفورماتیک الگوریتمی و محاسبات الهام‌گرفته از زیست؛ علوم کامپیوتر، ریاضیات و زیست‌شناسی را برای تحلیل داده‌های پیچیده زیستی ترکیب می‌کند. روش‌های الگوریتمی، مانند sequence alignment، و مدل‌های ریاضی به تفسیر داده‌ها کمک می‌کنند، در حالی که تکنیک‌های الهام‌گرفته از زیست، مانند الگوریتم‌های ژنتیک، از سیستم‌های زیستی برای حل مسئله تقلید می‌کنند.

🔹 از نظر فنی، الگوریتم‌های تحلیل توالی و مدل‌های ریاضی، سیستم‌های زیستی را به صورت کمی (quantitative) بیان می‌کنند. محاسبات الهام‌گرفته از زیست از روش‌هایی مانند هوش ازدحامی(swarm intelligence) برای بهینه‌سازی راه‌حل‌ها استفاده می‌کنند. این تکنیک‌ها در ژنومیکس، پروتئومیکس و زیست‌شناسی سیستم‌ها برای پیش‌بینی عملکرد ژن و مدل‌سازی فرآیندهای سلولی به کار می‌روند.

🔹 پایگاه‌های داده تخصصی مانند GenBank، UniProt و KEGG داده‌های زیستی را ذخیره و سازماندهی می‌کنند. پایگاه‌های فراداده (Meta-databases) اطلاعات را ادغام می‌کنند و پایگاه‌های داده تخصصی از طراحی الهام‌گرفته از زیست پشتیبانی می‌کنند. این منابع برای تحلیل محاسباتی حیاتی هستند.

🔹 این ادغام، زمینه‌هایی مانند کشف دارو و پزشکی شخصی را پیشرفت می‌دهد. با ادغام دقت ریاضی با بینش‌های زیستی، محققان مدل‌های دقیق و مداخلات هدفمند را توسعه می‌دهند، که برای مدیریت حجم رو به افزایش داده‌های زیستی ضروری است.

🔹 پایگاه‌های داده کلیدی مانند GenBank، PDB و KEGG داده‌های زیستی ضروری را ذخیره می‌کنند، در حالی که ابزارهایی مانند BLAST و Clustal Omega تحلیل توالی را امکان‌پذیر می‌سازند. محاسبات الهام‌گرفته از زیست از الگوریتم‌هایی مانند الگوریتم‌های ژنتیک و بهینه‌سازی ازدحام ذرات(particle swarm optimization) استفاده می‌کنند. چارچوب‌های توسعه مانند TensorFlow و پلتفرم‌های محاسبات با کارایی بالا، از جمله GPUها و محاسبات ابری، از تحقیقات پیشرفته زیست‌شناسی محاسباتی پشتیبانی می‌کنند.

🔗 Telegram
🔗 LinkedIn
🔗 Instagram
🧪Evolutionary & Comparative Genomics


🔹ژنومیک تکاملی و تطبیقی از حوزه‌های قدرتمند زیست‌شناسی هستند که تغییرات ژنتیکی را که در طول زمان شکل‌دهنده‌ی حیات بوده‌اند، بررسی می‌کنند.
ژنومیک تکاملی به مطالعه‌ی نحوه‌ی تکامل ژنوم‌ها می‌پردازد و بر جهش‌ها، انتخاب طبیعی و رانش ژنتیکی تمرکز دارد. با تحلیل تغییرات ژنومی در گونه‌ها و جمعیت‌های مختلف، دانشمندان می‌توانند پایه‌ی مولکولی سازگاری، گونه‌زایی و تاریخ تکاملی را کشف کنند.

🔹این حوزه به ما کمک می‌کند تا بفهمیم که موجودات زنده چگونه در پاسخ به فشارهای محیطی، بیماری‌ها و روابط هم‌زیستی تکامل یافته‌اند.

🔹ژنومیک تطبیقی از سوی دیگر، بر مقایسه‌ی ژنوم گونه‌های مختلف تمرکز دارد تا شباهت‌ها و تفاوت‌های آن‌ها را شناسایی کند. با هم‌ترازی توالی‌های ژنتیکی، دانشمندان می‌توانند ژن‌های حفظ‌شده، عناصر تنظیمی و نوآوری‌های تکاملی را کشف کنند. این مقایسه‌ها بینش‌های ارزشمندی در زمینه‌ی ژنومیک عملکردی ارائه می‌دهند و نشان می‌دهند که چگونه تغییرات ژنتیکی به تفاوت‌های فنوتیپی، حساسیت به بیماری‌ها و محدودیت‌های تکاملی منجر می‌شوند. برای مثال، مقایسه‌ی ژنوم انسان و نخستی‌ها (primate) به درک پایه‌ی ژنتیکی شناخت کمک می‌کند، در حالی که مطالعه‌ی ژنوم باکتری‌ها در ردیابی مقاومت آنتی‌بیوتیکی مفید است.

🔹این حوزه‌ها کاربردهای گسترده‌ای در پزشکی، کشاورزی و حفاظت از تنوع زیستی دارند. ژنومیک تکاملی در مطالعه‌ی بیماری‌های ژنتیکی انسانی، ردیابی تکامل ویروس‌ها و توسعه‌ی درمان‌های هدفمند نقش دارد. ژنومیک تطبیقی به بهبود اصلاح نژاد گیاهان کمک کرده و ژن‌های مرتبط با مقاومت به بیماری و تحمل به تنش را شناسایی می‌کند. علاوه بر این، این رویکردها در تلاش‌های حفاظتی با تجزیه‌وتحلیل تنوع ژنتیکی گونه‌های در معرض خطر اهمیت دارند. با پیشرفت فناوری‌های توالی‌یابی، ژنومیک تکاملی و تطبیقی همچنان درک ما را از نقشه‌ی ژنتیکی حیات متحول می‌کنند.


🔗 Telegram
🔗 LinkedIn
🔗 Instagram
🧬 Structural & Molecular Bioinformatics

🔹بیوانفورماتیک ساختاری؛ نخستین تلاش عمده‌ای بود که اصول و دانش پایه‌ای بیوانفورماتیک را به سوالات متمرکز بر ساختار ماکرومولکولی، مانند پیش‌بینی ساختار پروتئین و چگونگی عملکرد پروتئین‌ها در سلول‌ها، به کار گرفت. این حوزه به ما کمک می‌کند تا بفهمیم چگونه می‌توان با استفاده از بیوانفورماتیک به مسائل علوم زندگی پرداخته و بهبودهای قابل توجهی در مراقبت‌های بهداشتی ایجاد کنیم، به ویژه در تسریع کشف و توسعه داروها.

🔹کتاب‌Nature Structural & Molecular Biology، به ویژه نسخه اول، به عنوان منابع آموزشی در دوره‌های تحصیلات تکمیلی و کارشناسی در دانشگاه‌ها مورد استفاده گسترده قرار گرفت. این کتاب‌ به بررسی نظریه‌ها، الگوریتم‌ها، منابع و ابزارهای مورد استفاده در تحلیل، پیش‌بینی و مبانی نظری DNA، RNA و پروتئین‌ها می‌پردازد. این رویکرد به دانشجویان و پژوهشگران کمک می‌کند تا درک عمیق‌تری از ساختار و عملکرد مولکول‌های بیولوژیکی پیدا کنند.

🔹با پیشرفت‌های مداوم در بیوانفورماتیک ساختاری و مولکولی، این حوزه به طور فزاینده‌ای در حال تبدیل شدن به یک ابزار کلیدی در پژوهش‌های علمی و پزشکی است. این پیشرفت‌ها نه تنها به ما در درک بهتر ساختار و عملکرد مولکول‌های زیستی کمک می‌کند، بلکه می‌تواند به توسعه داروهای جدید و بهبود استراتژی‌های درمانی منجر شود.

🔗 Telegram
🔗 LinkedIn
🔗 Instagram
🌐 Systems & Network Biology

🔹 زیست‌شناسی شبکه‌ و سامانه‌ها؛ شاخه‌ای جذاب از بیوانفورماتیک است که به مطالعه سیستم‌های بیولوژیکی پیچیده از طریق یک رویکرد جامع می‌پردازد. با ادغام فناوری‌های مختلف "اُمیک"، مانند ترنسکریپتومیکس، گلیکومیکس و لیپیدومیکس، پژوهشگران می‌توانند تعاملات پیچیده بین مولکول‌های بیولوژیکی را تحلیل کنند. این حوزه چندرشته‌ای به دانشمندان این امکان را می‌دهد تا بررسی کنند چگونه این تعاملات بر عملکرد سلولی تأثیر می‌گذارد و به رفتار کلی موجودات زنده کمک می‌کند.

🔹 در قلب زیست‌شناسی سامانه‌ها، مطالعه شبکه‌های تعاملات بین موجودات مختلف وجود دارد که شامل ژن‌ها، پروتئین‌ها، متابولیت‌ها و سایر مولکول‌هایی است که برای حفظ زندگی با یکدیگر ارتباط برقرار می‌کنند و همکاری می‌کنند. با بررسی این شبکه‌ها، پژوهشگران می‌توانند کشف کنند که تغییرات در یک مؤلفه چگونه می‌تواند بر کل سیستم تأثیر بگذارد و به بینش‌هایی درباره مکانیزم‌های بیماری، مسیرهای متابولیکی و پاسخ‌های سلولی به تغییرات محیطی منجر شود.

🔹 کاربردهای زیست‌شناسی سامانه‌ها بسیار گسترده و تأثیرگذار است. در پژوهش‌های پزشکی، به عنوان مثال، درک تعاملات پیچیده در سیستم‌های بیولوژیکی می‌تواند به شناسایی اهداف درمانی و نشانگرهای جدید برای بیماری‌ها کمک کند. علاوه بر این، این رویکرد می‌تواند درک ما از تعاملات دارویی را بهبود بخشد و به توسعه استراتژی‌های درمانی مؤثرتر که برای شرایط هر بیمار تطبیق داده شده‌اند، یاری رساند.

🔹 با پیشرفت فناوری، این حوزه نیز همچنان در حال تحول است. با ظهور داده‌های کلان و ابزارهای محاسباتی پیشرفته، پژوهشگران اکنون قادرند مقادیر زیادی از داده‌های بیولوژیکی را به طور مؤثرتری تحلیل کنند. این پیشرفت نه تنها درک ما از پیچیدگی‌های زندگی را افزایش می‌دهد، بلکه راه را برای راه‌حل‌های نوآورانه در حوزه‌های بهداشت، کشاورزی و حفاظت از محیط زیست هموار می‌کند.

🔗 Telegram
🔗 LinkedIn
🔗 Instagram
2025/04/09 08:39:49
Back to Top
HTML Embed Code: