Labrats

Forwarded from Зоопарк из слоновой кости

#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция

Расшифровка механизмов, регулирующих активность генов - одна из ключевых проблем современных молбиологии и генетики. Как показывают последние работы, геномных данных может быть недостаточно, и для решения задачи необходимы данные о экспрессии миллионов случайных регуляторных последовательностей, получаемые в ходе массовых экспериментов. В поисках способа, как работать с этой информацией, появился конкурс DREAM-2022.

Первое место заняла полносверточная нейросеть от российской команды autosome.ru с участниками из МГУ и двух институтов #РАН - белка (Пущино) и общей генетики (Москва). Они и вошли в число ключевых авторов работы, на днях опубликованной в Nature Biotechnology (IF = 33.1)

В работе организаторы конкурса вместе с авторами победившей архитектуры провели анализ решений, представленных в конкурсе, и показали, что метод на основе комбинации этих решений не только позволяет решать задачи наподобие исходных, но и в других задачах, связанных с эпигенетикой и регуляторной геномикой, показывает state-of-the-art результаты.

https://www.nature.com/articles/s41587-024-02414-w

Nature

A community effort to optimize sequence-based deep learning models of gene regulation

Nature Biotechnology - A benchmarking competition improves tools that predict how regulatory regions control gene expression.

www.group-telegram.com/jp/rlabrats.com/4914

6.4K viewsOct 15 at 05:35

#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция

Расшифровка механизмов, регулирующих активность генов - одна из ключевых проблем современных молбиологии и генетики. Как показывают последние работы, геномных данных может быть недостаточно, и для решения задачи необходимы данные о экспрессии миллионов случайных регуляторных последовательностей, получаемые в ходе массовых экспериментов. В поисках способа, как работать с этой информацией, появился конкурс DREAM-2022.

Первое место заняла полносверточная нейросеть от российской команды autosome.ru с участниками из МГУ и двух институтов #РАН - белка (Пущино) и общей генетики (Москва). Они и вошли в число ключевых авторов работы, на днях опубликованной в Nature Biotechnology (IF = 33.1)

В работе организаторы конкурса вместе с авторами победившей архитектуры провели анализ решений, представленных в конкурсе, и показали, что метод на основе комбинации этих решений не только позволяет решать задачи наподобие исходных, но и в других задачах, связанных с эпигенетикой и регуляторной геномикой, показывает state-of-the-art результаты.

https://www.nature.com/articles/s41587-024-02414-w

BY Labrats