Telegram Group Search
#шпаргалка

Привет, коллега!

Незаметно настала середина января, а это значит, что я подготовила подборку конференций с дедлайном подачи тезисов в феврале. Найти её можно по ссылке.

〰️〰️〰️

А ещё сегодня у меня есть анонс вебинара, который может быть интересен всем, кто занимается доклиническими испытаниями или хочет соблюдать правило 3R в своей работе.

📅 21 января 2025 года в 11:00 пройдет первый ВЕБИНАР:
«Зебрафиш (Danio rerio) в доклинических исследованиях: "дешёвая мышь" или биомодель нового поколения» , который проведет к.б.н., старший научный сотрудник ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России Мизгирев Игорь Викторович.

Ссылка на регистрацию: https://my.mts-link.ru/j/2963331/1853424749

На вебинаре будут рассмотрены следующие вопросы:

Зебрафиш как альтернативная модель и ее место в системе биомедицинских исследований.

Общие принципы содержания рыб в лабораторных условиях.

Использование модели зебрафиш в доклинических исследованиях для изучения токсичности, канцерогенности, поведенческих реакций, иммунного ответа, сердечно-сосудистой патологиии терапии злокачественных опухолей.

Основные преимущества использования рыб в доклинических исследованиях.

📖 Более подробную информацию можно прочитать здесь

ПыСы: наконец-то дошла до исполнения обещания использовать картинки из комментариев к посту.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
#лабжурнал

Налево пойдёшь - белок найдёшь, прямо пойдёшь - РНК получишь

Привет, коллега!

Сегодня решила рассказать тебе о нескольких методах, применяемых в молекулярной биологии для обнаружения специфических молекул в образце. Все они объединяются термином блоттинг и делятся на несколько этапов, каждый из которых имеет свою специфику в зависимости от типа блота. Ниже я опишу лишь общую схему, но для тех, кому интересно, приведу ссылку на протокол для каждого из них.

Исторически первым был изобретён метод Southern blot, который позволял находить определённые последовательности ДНК в образцах. Назван он в честь первооткрывателя Эдвина Саузерна. Далее другой группой учёных метод был быстро модифицирован под другую нуклеиновую кислоту - РНК. Они весьма креативно подошли к названию и так у нас появился Northern blot

Помимо определения нуклеиновых кислот, технология была адаптирована и под детекцию белков. Такой метод называется Western blot. Существуют и модификации вышеперечисленных методов, например, Far-Western blot, необходимый для детекции белок-белковых взаимодействий, Southwestern и Northwestern blot, фокусирующиеся на белках, связанных с ДНК и РНК, соответственно 🐿🧬

Возможно ты уже догадался, что последний метод в нашем путешествии во все стороны света - это Eastern blot. Вообще с этим термином самая большая путаница и есть мнение, что его не существует, на я чаще встречаю, что Eastern blot используют для посттрансляционных модификаций белков, а именно навешивание на них фосфатной группы, углеводов или жиров. Кстати, отдельно для детекции только липидов существует Far-eastern blot, названный так самими учёными из Японии.

Теперь, когда мы разобрались с компасом блоттингов, опишу очень общий протокол для этих методов

Первым делом нужно выделить все молекулы нужного типа из образца, иначе будет грязь. К счастью есть протоколы отдельно для выделения только РНК, ДНК, белков и так далее. Затем эти молекулы помещаются в лунки специального геля, а сам этот гель - в электрическое поле. Белки обладают положительным зарядом и двигаются от плюса к минусу, а нуклеиновые кислоты заряжены отрицательно и двигаются от минуса к плюсу. При этом плотность геля не позволят молекулам перемещаться свободно, поэтому скорость движения будет зависеть от размера молекулы и её заряда. Этот процесс называется электрофорезом и если визуализировать молекулы с помощью специальных красителей, то можно увидеть как они разделяются, формируя отдельные полоски (как на картинке). А вот для разделения жиров и малых молекул используют высокоэффективную тонкослойную хроматографию. Там нет электрического поля, но результат выглядит похожим образом.

Только разделением блоттинг не заканчивается. Используя смесь молекул с известными размерами в качестве референса (это называют маркеры), мы, конечно, сможем посчитать параметры всех выявленных полос, но мы не можем быть уверены, что, например, вот эта полоска с массой 65 кДа - это альбумин, а вот эта полоска в 2 тысячи пар нуклеотидов - нужный нам фрагмент ДНК. Поэтому нужно что-то, что будет более специфично реагировать только с нашей молекулой.

Такие штуки есть, но они не будут взаимодействовать с целью, пока она находятся в геле, так что наши молекулы необходимо перенести оттуда на специальную мембрану, где реакция состоится. Делается это также с помощью электрического поля в специальных камерах. После этого уже может осуществляться детекция. Для белков используют антитела, совсем как в иммуногистохимии, а для нуклеиновых кислот - специальный зонд, комплементарный искомой последовательности и несущий флуоресцентную или изотопную метку. И вот если наша молекула-детектор связалась с полоской в нужном месте - мы можем быть уверены, что в образце присутствует искомая молекула. Ура! 🥳

Кажущаяся простота метода скрывает за собой множество нюансов. На каждом этапе что-то может пойти не так и моё большое уважение тем, кто ставит такие протоколы с нуля или на новых китайских реактивах 🎩

А вообще, коллеги, как вам эта рубрика? Ставьте реакты, для меня она пока наименее понятна с точки зрения востребованности.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
#it_is_Friday_my_fellows

Привет, коллега!

Без лишних слов: выбирай настроение этой рабочей недели и голосуй в опросе ниже
Всем хороших выходных, коллеги!
Отказ от болонской системы коснулся даже ресторанов
#годнота

Привет, коллега!

Мы тут недавно обсуждали популяризацию науки и я вспомнила и теперь хочу порекомендовать одно шоу, которое можно посмотреть вечерочком после работы, расслабиться, посмеяться и возможно даже узнать что-то новое. Оно правда не является научпопом, да и не претендует на это звание, всё-таки это больше развлекательный контент. Но образовательная часть присутствует и сама идея подачи информации таким образом мне кажется классной.

Шоу называется Исторический Квиз-Стендап, оно создано комиками и участвуют там собственно комики, блогеры и разные звёзды. Гостей переодевают в различных исторических (и не очень) персон и они отвечают на вопросы про своих героев. В общем, весело, задорно и познавательно.

Сейчас они выходят в ВК видео, так что ссылки на плейлисты раз, два и три.
#методичка

Привет, коллега!

Многие учёные мало задумываются о юридических аспектах своей работы, кто-то небось даже не читал свой трудовой договор. Я, конечно, не юрист и не знаю многих нюансов, но попробую в общих чертах рассказывать и про какие-то интересные нормативные правовые акты, чтобы немного предупредить и вооружить. И начну я с авторского права.

Авторское право - это совокупность норм, регулирующих права на творческие произведения и защищающее авторов от незаконного использования их трудов. В России они прописаны в главе 70 части 4 ГК РФ

Защите подлежат произведения науки, литературы и искусства, например статьи, книги, сценарии, музыка, фильмы, видео, картины, комиксы (да, да и мемы тоже), графика, фотографии, хореографические постановки, географические карты, программное обеспечение и тд. То есть любое материальное выражение интеллектуального труда.

Но обрати внимание на то, что законом НЕ защищаются:
🔘Идеи и концепции - если тебе пришла в голову идея исследования на нобелевскую премию - держи её при себе, кто-то может услышать и воплотить её раньше.
🔘Законы и официальные документы
🔘Факты и новости, но только их суть, а не дословный текст откуда-то
🔘Народное творчество – пословицы, легенды, мифы. Иногда мемы относят и в эту категорию, тут уж как в суде решат.

В целом, для фиксации авторского права ничего делать не нужно, оно возникает как только произведение создано. Однако, для пущей уверенности можно: официально зарегистрировать произведение (например, в Роспатенте), зафиксировать авторство через нотариуса или отправить себе копию письмом с датой.

Для публикации в большинстве научных журналов требуется подписание лицензионного договора, который подразумевает переход части прав к издателю. Без этого договора издательство не имеет права публиковать, использовать и распространять статью (это называется исключительное право). При этом авторство всегда остаётся за создателями, а вот возможность где-то размещать свою же статью зависит от договора. Для Open Access чаще всего используется лицензия Creative Commons, по которой все могут свободно распространять статью и использовать при соблюдении определённых условий. Но некоторые издательства прямо запрещают авторам размещать в открытом доступе полный текст статьи. Я с таким пунктом сталкивалась в русскоязычных журналах и для этой статьи в зарубежном. Поэтому внимательно ознакомься с договором, прежде чем выкладывать свою статью где-то в интернете.

Кстати, отдельно хочется отметить, что переработанное произведение также является объектом авторского права. То есть, если ты перевёл чью-то статью без разрешения - ты не имеешь права публиковать и распространять её. Если разрешение правообладателя было получено, то исключительное право всё равно остаётся у него, а ты будешь указан как автор перевода. Выход один - изменить произведение до неузнаваемости или сделать пародию.

Что ещё интересного стоит знать. Если ты работаешь в вузе и написал учебник или методичку, то исключительные права на него могут принадлежать вовсе не тебе, а работодателю. Это возможно если:
произведение создано в рамках выполнения трудовых обязанностей, прописанных в трудовом договоре
в договоре есть пункт, о том, что права принадлежат работодателю.

За сотрудником всегда остаётся право называться автором и работодатель не может поставить на обложку методички другого человека. При этом есть лазейка: если работодатель не использует служебное произведение в течение трёх лет, автор может потребовать исключительное право себе. Но и для работодателя есть своя: если написание методичек не стоит у тебя в обязанностях, а ты сделал её и для этого использовал служебный компьютер и фотки ваших приборов - работодатель не имеет права на произведение, но может потребовать компенсацию. Так что поаккуратнее 😅

〰️〰️
В общем, тема авторского права весьма интересная и мне кажется тут можно подорваться на каждом шагу. Этот канал небось на приличную сумму насобирал, хотя его спасают некоммерческие цели. Лучше всего, конечно, всегда спрашивать разрешения автора на публикацию или хотя бы указывать источник.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
#дед_инсайд

РНФ. Спасибо, что живой

Привет, коллега!

Как-то глубоко в студенчестве я совершенно случайно забрела в Азбуку Вкуса, так как это был единственный круглосуточный магазин в округе. Я девочка из провинции и не разбиралась в московских заведениях, поэтому не знала, что конкретно это не предназначено для бедных студентов, живущих на 10 тысяч в месяц. Увидела цены, охренела и в итоге купила какой-то самый дешманский хлеб за 50 рублей (против 25 в Ашане) и молоко за 80 (против 35). И это был мой ужин и завтрак.

Почему я вспомнила эту историю? Потому что проверяла я тут на смету на закупку реактивов и испытала примерно такое чувство как 15 лет назад в Азбуке Вкуса. Вроде все те же самые реактивы, что и всегда, но в 3 раза дороже и на предложенные 2 млн можно купить только половину необходимого. Я подняла договоры за 2017 год и там антитела, которые я сейчас покупаю за 130 тысяч стоят 37. Да, я в курсе про инфляцию и санкции и понимаю откуда растут ноги у такого подорожания. Мне непонятно почему при этом не индексируются гранты и бюджет на закупки в 2017 и сейчас одинаковый.

Мне как-то скидывали вот эту статью и согласно ей в абсолютных значениях финансирование науки в РФ в 56 раз меньше, чем в США и в 25 чем в Китае. Но хрен с ним с абсолютными значениями, в конце концов страны имеют разные доходы. Но траты на науку в процентах от ВВП в США составляют примерно 3,6%, в Китае ~2,5%, а в России ~0,8%. Опять же нам регулярно сообщают, что траты на науку у нас каждый год растут, но процент при этом особо не меняется. А казалось бы с учётом нынешних наценок, чтобы поддерживать науку на плаву надо куда больше, чем индексировать на официальный уровень инфляции. А чтобы еще и развиваться куда-то, импортозамещать всё подряд - надо ещё больше.

Новым командам и раньше было непросто получить гранты, а теперь ещё надо и выжить на них и выжать максимум для исследования. Хорошо, если у коллектива есть сильные публикации, которые кто-то оплатил, это поможет в получении гранта. И всё равно, сходу влететь в большие гранты не получится, надо начинать с полуторамиллионников РНФ, а их выполнение возможно в сильных центрах, где уже было/есть другое финансирование, с которого можно пособирать остатки расходки. Без этого - денег сделать нормальное исследование может не хватить. В комментариях для наглядности приведу траты для своего такого гранта.

Не раз слышала от коллег и встречала в комментариях позицию, что "не будет гранта - придётся уходить из науки". Кажется, что через какое-то время люди будут гораздо сильнее концентрироваться вокруг именитых руководителей и пробиваться оттуда, возможно попутно формируя научные школы. Остальные будут сидеть на минимальной оплате и писать статьи в мурзилки или уйдут кто куда. С одной стороны сильные научные школы - звучит неплохо, а с другой стороны, не приведёт ли это к кризису идей и монополии в области?

В общем, у меня немного упадническое настроение и ощущение, что наука в нашей стране становится всё менее и менее притягательной, как для государства, так и для самих исследователей. Я нигде так сильно не чувствую последствия санкций, как в работе учёных. Хочется верить, что когда-нибудь станет лучше, но пока динамика так себе.

Коллеги, а как у вас с настроем? Нет ли ощущения, что получить грант становится всё сложнее? А если получаете, то хватает ли его?
#диссероплетение

В рабочем графике не нашлось места для легенды

Привет, коллега!

Вчерашние рассуждения про недостаток финансирования вызывали очень бурную реакцию, но я напомню, что основная цель этого канала всё-таки образовательная и здесь мы рассказываем молодым учёным о том, как вообще подступиться к такому непростому делу как наука. Почему мы? Потому что самое ценное в этом канале - это замечательные подписчики, которые делятся своим опытом в комментариях ❤️

И раз уж мы поговорили про общие правила оформления презентаций, графических абстрактов и в целом рисунков, пришло время дать общие рекомендации по оформлению диаграмм. Поехали.

Соответствие данным. Не каждый тип диаграммы подходит для всех данных. Например, линейные графики часто используются для связанных выборок и/или отражения динамики, а круговые диаграммы для отражения процентов качественных данных. В будущем хочу сделать большой пост про разные варианты графического представления с примерами, ставь 👀, если тебе это актуально.

Соответствие требованиям. Различные организации и даже журналы предъявляют определённые требования к оформлению научных работ. Иногда это просто размеры шрифтов, а, например, журнал Stem Cells требовал отображения на диаграммах индивидуальных значений и редакторы запрашивали у нас объяснения, почему на некоторых графиках их нет. Так что внимательно читай регламенты оформления и инструкции для авторов

Информативность. Основная задача диаграммы - показать читателю твои данные и тот вывод, который ты делаешь из них. По хорошему она должна быть настолько понятной, что в секцию результатов лезть не обязательно. Мой оппонент назвал диссертацию "забористой" потому что в ней были заборы из похожих друг на друга столбчатых диаграмм и без поллитра там сложно было разобраться. В комментарии скину первоначальную версию одной из картинок и ту, что пошла в финал, пусть и с точки зрения меня сегодняшней она не очень. Вот ещё примеры очень трудно считываемой диаграммы с накоплением или круговой диаграммы. Ну и мой фаворит - просто монстр среди диаграмм. Всё таки иногда большой пул данных стоит разнести на разные графики, а иногда и в виде таблицы они считываются куда лучше.

Простота. Пункт связанный с предыдущим, графики не должны быть перегруженными. Меньше текста (используй сокращения), меньше каких-то лишних символов, только основная информация.

Оформление. В целом лучше если диаграмма будет приятна глазу читателя. На мой субъективный взгляд в Excel очень некрасивое стандартное оформление, я пользуюсь GraphPad Prism. Более продвинутые в точных науках коллеги используют MatLab, OriginLab, R или Python. Более молодое поколение предпочитает Canva или Tableau. Я так себе дизайнер, только учусь делать всё по красоте, но вот несколько советов по визуалу:
🔘Лучше убрать лишние линии разметки, а оставшиеся сделать почти незаметными.
🔘Выбирай более менее контрастные цвета, но не больше 4, причём если они находятся в разных частях цветового круга, то лучше уменьшить их насыщенность. Но при сильном уменьшении - не забудь сделать обводку. Также можно использовать разные оттенки одного цвета.
🔘Скруглённые линии или края столбцов выглядят приятнее для глаза.
🔘Избегай ненужных эффектов вроде теней или 3D на каких-нибудь столбчатых диаграммах.
🔘Обязательно проверь выбранное оформление на то, как оно выглядит при печати. Например, светло-серые тона и тонкие линии могут быть не видны, а красный может сливаться с бордовым.


Единообразие. Лучше всего оформить все диаграммы в работе в одном стиле. В больших статьях разные данные получают разные исследователи, но финальное оформление статьи и рисунков делает один (как правило первый автор) и он как раз должен этот стиль соблюсти. За что отдельно люблю GraphPad Prism - он умеет в два клика переделывать стиль одного графика под нужный шаблон и если твои коллеги тоже используют призму, то это сильно упрощает сборку рисунков.

И конечно же не забывай легенду и подписи осей 👉 Используй этот пост как чек-лист и не забывай проверять комментарии. Возможно, там уже кто-то написал ещё немного рекомендаций.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
2025/01/24 03:44:40
Back to Top
HTML Embed Code: