Белки, сахара и Рождество
В биохимии много забавных названий, среди них есть и молекулы, название которые можно связать с Рождеством. Естественно, все они из капиталистических стран, потому что советские ученые были гораздо серьезнее (не серьезнее, на самом деле, но не забалуешь с советской властью).
Итак, вот примеры таких молекул:
1. Christmas Factor
В организме человека есть фермент (протеаза), называемый рождественским фактором (Christmas Factor). Для большинства биологов он более известен как фактор IX.
Но вообще, Рождество тут не при чем и он не отвечает за праздничное настроение, а является одним из ферментов системы свертываемости крови. Он активирует другой фактор свертываемости крови - фактор X, что в конечном итоге приводит к образованию тромба.
Он назван в честь ребенка по имени Стивен Кристмас (Stephen Christmas), у которого была обнаружена мутация в факторе IX, что привело к гемофилии B. Тут логично было бы назвать фактор X рождественским фактором (типа X-factor, Christmas Factor). Но фактор X получило название фактора Сьюарта в честь пациента Руфуса Стюарта (Rufus Stuart). Это отдельная история, полная страстей и эмоций.
2. Антибиотик Rudolphomycin
Рудольфомицин - противоопухолевый антибиотик, который вырабатывается актинобактериями рода Actinosporangium.
Но, название «Рудольфомицин» на самом деле не связано с красноносым оленем Санты. Антибиотик был названо в честь Рудольфа, персонажа оперы Пуччини «Богема». Просто автор фанател от оперы и щедро раздал разным метаболитам имена героев оперы.
3. Сахар Rednose
При деградации рудольфомицина был получен новый сахар с аминогруппой, который окрестили «rednose».
С этим названием интересная история, его предложил тот же автор, кто придумал назвать антибиотик рудольфомицином. Перед Рождеством, 21 декабря 1978 он отправил статью, где описал новый сахар и предложил тривиальное название rednose. У редактора, похоже, было хорошее настроение и он все пропустил в печать. Начальство узнало о приколе слишком поздно, автора пропесочили за легкомысленность, но что-то менять было уже поздно. Йо-хо-хо, иногда такие приколы прокатывают!
4. Белковый домен SANTA
У эукариот ДНК большая и для того, чтобы занимала меньше места в ядре и для более тонкой регуляции упакована с помощью белков-гистонов. Но гистоны ограничивают доступ разных ферментов к ДНК, поэтому время от времени нужно все это распутывать.
Во многих белках, которые участвуют в освобождении ДНК от гистонов есть участок, названный SANT. Это домен, который связывает неацетилированный гистон. А рядом с этим доменом выявили другой консервативный регуляторный домен, который назвали SANTA (SANT Associated).
Так что, SANTA не только составляет список ваших проступков, но и участвует в регуляции хроматина.
5. Фактор транскрипции Elf-1
Elf-1 - фактор транскрипции, экспрессируется преимущественно в лимфоидных клетках и может как усиливать, таки и подавлять экспрессию различных генов. Название, конечно, тоже прямо с Рождеством не связано, это сокращение от "E74-Like Factor" - фактор транскрипции похожий на экдизон-индуцибельный транскрипционный фактор дрозофилы необходимый для метаморфоза. Но Санте точно нужны помощники, поэтому включим в список!
Энжойте и всем хо-хо-хо!
Увидемся в следующем сезоне!
В биохимии много забавных названий, среди них есть и молекулы, название которые можно связать с Рождеством. Естественно, все они из капиталистических стран, потому что советские ученые были гораздо серьезнее (не серьезнее, на самом деле, но не забалуешь с советской властью).
Итак, вот примеры таких молекул:
1. Christmas Factor
В организме человека есть фермент (протеаза), называемый рождественским фактором (Christmas Factor). Для большинства биологов он более известен как фактор IX.
Но вообще, Рождество тут не при чем и он не отвечает за праздничное настроение, а является одним из ферментов системы свертываемости крови. Он активирует другой фактор свертываемости крови - фактор X, что в конечном итоге приводит к образованию тромба.
Он назван в честь ребенка по имени Стивен Кристмас (Stephen Christmas), у которого была обнаружена мутация в факторе IX, что привело к гемофилии B. Тут логично было бы назвать фактор X рождественским фактором (типа X-factor, Christmas Factor). Но фактор X получило название фактора Сьюарта в честь пациента Руфуса Стюарта (Rufus Stuart). Это отдельная история, полная страстей и эмоций.
2. Антибиотик Rudolphomycin
Рудольфомицин - противоопухолевый антибиотик, который вырабатывается актинобактериями рода Actinosporangium.
Но, название «Рудольфомицин» на самом деле не связано с красноносым оленем Санты. Антибиотик был названо в честь Рудольфа, персонажа оперы Пуччини «Богема». Просто автор фанател от оперы и щедро раздал разным метаболитам имена героев оперы.
3. Сахар Rednose
При деградации рудольфомицина был получен новый сахар с аминогруппой, который окрестили «rednose».
С этим названием интересная история, его предложил тот же автор, кто придумал назвать антибиотик рудольфомицином. Перед Рождеством, 21 декабря 1978 он отправил статью, где описал новый сахар и предложил тривиальное название rednose. У редактора, похоже, было хорошее настроение и он все пропустил в печать. Начальство узнало о приколе слишком поздно, автора пропесочили за легкомысленность, но что-то менять было уже поздно. Йо-хо-хо, иногда такие приколы прокатывают!
4. Белковый домен SANTA
У эукариот ДНК большая и для того, чтобы занимала меньше места в ядре и для более тонкой регуляции упакована с помощью белков-гистонов. Но гистоны ограничивают доступ разных ферментов к ДНК, поэтому время от времени нужно все это распутывать.
Во многих белках, которые участвуют в освобождении ДНК от гистонов есть участок, названный SANT. Это домен, который связывает неацетилированный гистон. А рядом с этим доменом выявили другой консервативный регуляторный домен, который назвали SANTA (SANT Associated).
Так что, SANTA не только составляет список ваших проступков, но и участвует в регуляции хроматина.
5. Фактор транскрипции Elf-1
Elf-1 - фактор транскрипции, экспрессируется преимущественно в лимфоидных клетках и может как усиливать, таки и подавлять экспрессию различных генов. Название, конечно, тоже прямо с Рождеством не связано, это сокращение от "E74-Like Factor" - фактор транскрипции похожий на экдизон-индуцибельный транскрипционный фактор дрозофилы необходимый для метаморфоза. Но Санте точно нужны помощники, поэтому включим в список!
Энжойте и всем хо-хо-хо!
Увидемся в следующем сезоне!
600 оттенков кумасси
Длинный пост для всех любителей красить форезные гели!
Что вы знаете о настоящейдушности щепетильности в проверке методов окраски гелей? А вот в работе Neuhoff с коллегами (1985) ученые проверили 600 (!) вариантов окрашивания 3 белков в гелях с несколькими концентрациями 2 красителей (Coomassie Brilliant Blue R-250 и G-250) с различными сочетаниями кислот и добавок.
Состав растворов для окраски изобилует всякой экзотикой - тут не только классические метанол и уксусная кислота, но и соляная, хлорная, ТХУ, фосфорная, аскорбиновая, щавелевая и другие кислоты (14 шт., да еще и в разных концентрациях!). Среди добавок - ЭДТА, глицерин, ПЭГ, ДМСО, различные соли (13 шт.!) и другие добавки.
Дотошность авторов проявляется еще и в том, что красители, которые использовались для окрашивания они дополнительно чистили (уверен, никто этого не делает!).
Как же у них получилось провести так много экспови не сойти с ума? А фишка в том, что красили не гели после фореза, придумали имитацию геля. Вначале тестили кислоты в тонком слое агарозы - делали отверстия и заливали туда растворы белков в агарозе. Поверяли интенсивность окрашивания и фон. А потом отобранные кислоты проверяли на барби-сайз ПААГ. Заливали очень тонкий полиакриламидный гель (0,5 мм) в кассету из предметных стекол, в лунки заливали растворы белков в акриламиде/бис. Потом красили, отмывали и детектировали на самодельном денситометре. Обращаю внимание, что это 1985 год и до появления биорадовских гельдоков оставалось еще 10 лет!
Итак, что полезного можно отметить:
1. При окраске важен pH (а значит и кислота, которая применяется).
При pH <1.5 белки протонированы и хорошо окрашиваются при минимальном фоне, при pH >2 условия окрашивания менее благоприятные и кумасси красит также и гель. При pH <0.5 окраска проходит плохо, потому что краска начинает осаждаться и раствор истощается.
Наилучшие условия для окрашивания обеспечивает промежуточный диапазон pH, при этом краситель находится в коллоидной форме, не выпадает в осадок и доступен для окрашивания (коллоидный кумасси красит лучше обычного, мы это и раньше знали).
2. При низком pH кумасси деградирует и поэтому при приготовлении коллоидного красителя нужно добавлять до 2-6% сульфат аммония, он работает как буфер. В результате pH становится 1.5-2.0, это как раз компромиссное значение, когда и краска не портится и белки хорошо протонированы. Кстати, из-за нестабильности кумасси при низком pH рекомендуют использовать свежий раствор в протоколах, где есть сильные кислоты (хлорная, ТХУ).
3. Для долговременного хранения лучше отмыть гель от кислоты, нейтрализовать в буфере, смыть слой прилипшего коллоидного кумасси 25% метанолом и хранить в 20% растворе сульфата аммония. Сульфат аммония стабилизирует комплекс кумасси с белком и полоски меньше выцветают (если сосуд неплотно закрыт концентрация сульфата аммония будет повышаться и гель скукожится). Если нужно гель сушить, то нужно отмыть от соли и уравновесить в 2-4 % глицерине.
4. Окраска получается лучше, если фиксировать в 12% ТХУ - позволяет убрать интерферирующие соединения (например SDS). Но авторы отмечают, что для разных белков лучше подбирать свой вариант фиксации (кто-нибудь такое делает, интересно?)
5. Добавление сульфата аммония в раствор для окраски позволяет уменьшить окрашивание фона (лучше всего до 10%, выше краска осаждается).
6. R250 тоже может быть в коллоидной форме (для меня это было открытие!). G250 можно получить в коллоидной форме без орг. растворителей, для тех, кому мешает запах спиртов это выход. Но в следующей работе авторы отмечают, что со спиртом быстрее и лучше красит.
7. Гели можно красить ступенчато - вначале прокрасить мажорные полоски, зафиксировать в 20% NH4SO4 , снять на гельдоке, потом удалив NH4SO4 добавить свежую краску и прокрасить слабые полоски
8. Если хотите блеснуть в приличном обществе, можно сказать не «как хотите, так и делайте», а многозначительно указать на латыни “Ad libitum” (по собственному усмотрению).
Титанический труд!
Энжойте и восхищайтесь
Длинный пост для всех любителей красить форезные гели!
Что вы знаете о настоящей
Состав растворов для окраски изобилует всякой экзотикой - тут не только классические метанол и уксусная кислота, но и соляная, хлорная, ТХУ, фосфорная, аскорбиновая, щавелевая и другие кислоты (14 шт., да еще и в разных концентрациях!). Среди добавок - ЭДТА, глицерин, ПЭГ, ДМСО, различные соли (13 шт.!) и другие добавки.
Дотошность авторов проявляется еще и в том, что красители, которые использовались для окрашивания они дополнительно чистили (уверен, никто этого не делает!).
Как же у них получилось провести так много экспов
Итак, что полезного можно отметить:
1. При окраске важен pH (а значит и кислота, которая применяется).
При pH <1.5 белки протонированы и хорошо окрашиваются при минимальном фоне, при pH >2 условия окрашивания менее благоприятные и кумасси красит также и гель. При pH <0.5 окраска проходит плохо, потому что краска начинает осаждаться и раствор истощается.
Наилучшие условия для окрашивания обеспечивает промежуточный диапазон pH, при этом краситель находится в коллоидной форме, не выпадает в осадок и доступен для окрашивания (коллоидный кумасси красит лучше обычного, мы это и раньше знали).
2. При низком pH кумасси деградирует и поэтому при приготовлении коллоидного красителя нужно добавлять до 2-6% сульфат аммония, он работает как буфер. В результате pH становится 1.5-2.0, это как раз компромиссное значение, когда и краска не портится и белки хорошо протонированы. Кстати, из-за нестабильности кумасси при низком pH рекомендуют использовать свежий раствор в протоколах, где есть сильные кислоты (хлорная, ТХУ).
3. Для долговременного хранения лучше отмыть гель от кислоты, нейтрализовать в буфере, смыть слой прилипшего коллоидного кумасси 25% метанолом и хранить в 20% растворе сульфата аммония. Сульфат аммония стабилизирует комплекс кумасси с белком и полоски меньше выцветают (если сосуд неплотно закрыт концентрация сульфата аммония будет повышаться и гель скукожится). Если нужно гель сушить, то нужно отмыть от соли и уравновесить в 2-4 % глицерине.
4. Окраска получается лучше, если фиксировать в 12% ТХУ - позволяет убрать интерферирующие соединения (например SDS). Но авторы отмечают, что для разных белков лучше подбирать свой вариант фиксации (кто-нибудь такое делает, интересно?)
5. Добавление сульфата аммония в раствор для окраски позволяет уменьшить окрашивание фона (лучше всего до 10%, выше краска осаждается).
6. R250 тоже может быть в коллоидной форме (для меня это было открытие!). G250 можно получить в коллоидной форме без орг. растворителей, для тех, кому мешает запах спиртов это выход. Но в следующей работе авторы отмечают, что со спиртом быстрее и лучше красит.
7. Гели можно красить ступенчато - вначале прокрасить мажорные полоски, зафиксировать в 20% NH4SO4 , снять на гельдоке, потом удалив NH4SO4 добавить свежую краску и прокрасить слабые полоски
8. Если хотите блеснуть в приличном обществе, можно сказать не «как хотите, так и делайте», а многозначительно указать на латыни “Ad libitum” (по собственному усмотрению).
Титанический труд!
Энжойте и восхищайтесь
На скорую руку покрашенные гели по рецептам из статьи из прошлого поста. Безусловный фаворит - G250 в 2% фосфорной кислоте и 6% сульфате аммония. Твердое второе место - рецепт с G250 в 1,5% соляной кислоте. Потом G250 в 3% щавелевой кислоте и замыкает R250 в стандартной смеси 10% уксусной кислоты и 10% изопропаноле. Фиксировал в 40% этаноле с 10% уксусной кислотой, оставил на ночь. Гели не отмывал, ополоснул водой и 25% этанолом минуту чтобы убрать налипшую краску.
Я был фанатом R250, но похоже вариант с фосфорной кислотой и сульфатом аммония красит гораздо чувствительнее и практически без фона. Осталось проверить другие рецепты.
Интересно получилось, я думал что это олды так заморачивались с ядренными кислотами типа хлорной и ТХУ, когда и уксусная с изопропропанолом норм красит. А вот оно как оказывается, есть в этом свой прикол!
Я был фанатом R250, но похоже вариант с фосфорной кислотой и сульфатом аммония красит гораздо чувствительнее и практически без фона. Осталось проверить другие рецепты.
Интересно получилось, я думал что это олды так заморачивались с ядренными кислотами типа хлорной и ТХУ, когда и уксусная с изопропропанолом норм красит. А вот оно как оказывается, есть в этом свой прикол!
Новый год прошел, а подарки продолжаются!
Перед Новым годом поучаствовал в конкурсе ТГ-канала АДовый ресёрч на лучшую лабную елку. И сегодня забрал приз - книгу "Сферический конь в вакууме".
На канале Анастасии Куренковой (замдиректора Института регенеративной медицины Сеченовки) можно найти полезные советы юным падаванам, много информации по планированию экспов, применению статистики в работе, про написание статей.
Ну и лабные мемы, само собой. Лайк, шер, репост!
Перед Новым годом поучаствовал в конкурсе ТГ-канала АДовый ресёрч на лучшую лабную елку. И сегодня забрал приз - книгу "Сферический конь в вакууме".
На канале Анастасии Куренковой (замдиректора Института регенеративной медицины Сеченовки) можно найти полезные советы юным падаванам, много информации по планированию экспов, применению статистики в работе, про написание статей.
Ну и лабные мемы, само собой. Лайк, шер, репост!
Финалгон вашим мышкам!
Крови у мыши меньше наперстка, поэтому если нужно отобрать по максимуму - то отбирают из сердца или после декапитации (можно выжать до 1 мл).
А если нужно отобрать небольшой объем крови, но быстро и несколько раз, используют способ ампутации кусочка хвоста с выдавливанием 2-3 капелек крови. Так можно получить до 150 мкл крови, а потом повторить пока хвост не кончится.
Мышку и хвост фиксируют, а чтобы кровь лучше шла в модных лабах хвост нагревают ИК-лампой, но можно греть и теплой воде.
А в книге Antibodies in Cell Biology, Methods in Cell Biology Volume 37 (1993) наткнулся еще на один способ повышения кровотока - для этого нужен простой советский …. финалгон! Не очень понятно, как учитывают влияние финалгона на анализ (для проверки антител, думаю, не критично).
Так что в следующий раз, когда будете пользоваться финалгоном, не забудьте порадоваться, что ничего отрезать не надо!
Крови у мыши меньше наперстка, поэтому если нужно отобрать по максимуму - то отбирают из сердца или после декапитации (можно выжать до 1 мл).
А если нужно отобрать небольшой объем крови, но быстро и несколько раз, используют способ ампутации кусочка хвоста с выдавливанием 2-3 капелек крови. Так можно получить до 150 мкл крови
Мышку и хвост фиксируют, а чтобы кровь лучше шла в модных лабах хвост нагревают ИК-лампой, но можно греть и теплой воде.
А в книге Antibodies in Cell Biology, Methods in Cell Biology Volume 37 (1993) наткнулся еще на один способ повышения кровотока - для этого нужен простой советский …. финалгон! Не очень понятно, как учитывают влияние финалгона на анализ (для проверки антител, думаю, не критично).
Так что в следующий раз, когда будете пользоваться финалгоном, не забудьте порадоваться, что ничего отрезать не надо!
Когда вода из-под крана лучше дистиллята
В замечательной статье Recipes and tools for culture of Escherichia coli из Current Protocols in Molecular Biology (2018) с протоколами приготовления бактериальных питательных сред (статья сама по себе очень полезная!) прочитал об интересном наблюдении про влияние способа получения дистиллята на рост микроорганизмов.
Авторы пишут:
В конце XX - начале XXI века во многих лабораториях дистиллированная вода, подаваемая по металлическим трубкам, была заменена системами, производящими деионизированную воду, которая была очищена от ионов металлов и подавалась по пластиковым трубкам. Следствием такого улучшения качества воды стало появление сообщений о том, что хорошо охарактеризованные штаммы E. coli, которые ранее хорошо росли в минимальной среде, стали расти не так хорошо.
И приводят способ проверки пригодности дистиллята для культивирования на минимальных средах:
При открытии лаборатории в новом месте стоит протестировать рост штаммов E. coli, которые будут использоваться в средах M9 и A, сравнивая рост в средах, приготовленных из доступной дистиллированной воды и из воды, содержащей 100 мл/литр стерильной водопроводной воды (из крана с холодной водой). Если клетки растут лучше в среде, приготовленной на воде с 1/10 водопроводной воды, следует среду M9 и среду A дополнить FeSO4 или продолжить использовать среду, приготовленную из разбавленной холодной водопроводной воды.
Плохо растут клетки? Просто добавь воды!
В замечательной статье Recipes and tools for culture of Escherichia coli из Current Protocols in Molecular Biology (2018) с протоколами приготовления бактериальных питательных сред (статья сама по себе очень полезная!) прочитал об интересном наблюдении про влияние способа получения дистиллята на рост микроорганизмов.
Авторы пишут:
В конце XX - начале XXI века во многих лабораториях дистиллированная вода, подаваемая по металлическим трубкам, была заменена системами, производящими деионизированную воду, которая была очищена от ионов металлов и подавалась по пластиковым трубкам. Следствием такого улучшения качества воды стало появление сообщений о том, что хорошо охарактеризованные штаммы E. coli, которые ранее хорошо росли в минимальной среде, стали расти не так хорошо.
И приводят способ проверки пригодности дистиллята для культивирования на минимальных средах:
При открытии лаборатории в новом месте стоит протестировать рост штаммов E. coli, которые будут использоваться в средах M9 и A, сравнивая рост в средах, приготовленных из доступной дистиллированной воды и из воды, содержащей 100 мл/литр стерильной водопроводной воды (из крана с холодной водой). Если клетки растут лучше в среде, приготовленной на воде с 1/10 водопроводной воды, следует среду M9 и среду A дополнить FeSO4 или продолжить использовать среду, приготовленную из разбавленной холодной водопроводной воды.
Плохо растут клетки? Просто добавь воды!
PubMed Central (PMC)
Recipes and tools for culture of Escherichia coli
In this article, we provide information about culture media, including minimal liquid media, rich liquid media, solid media, top agar, and stab agar. We also provide descriptions and useful information about tools used with growth media such as ...
Как-то раз нужно было срочно наэкспрессировать GFP. А стерильной среды и колб конечно никаких не было.
Но вспомнил статью про культивирование в бутылках из-под колы и решил пойти этим же путем! Колбы - просто хорошо промытые, среда - свеженамешанная. И все сработало, селекция антибиотиками это сила!
P.S. Само собой, лучше когда все стерильное, но если срочно нужно вполне себе вариант.
Но вспомнил статью про культивирование в бутылках из-под колы и решил пойти этим же путем! Колбы - просто хорошо промытые, среда - свеженамешанная. И все сработало, селекция антибиотиками это сила!
P.S. Само собой, лучше когда все стерильное, но если срочно нужно вполне себе вариант.
Если GFP зажигают, значит это кому-то нужно
Для преподавателя практических курсов по молекулярной биологии GFP (зеленый флуоресцентный белок) просто находка. Белок очень стабильный, его легко получить в большом количестве, можно экспрессировать и в бактерияхи в клетках эукариотов. К тому же еще и окрашен, а если подсветить ультрафиолетом еще и светится ярко!
Чем же лучше подсвечивать? Когда начинал применять GFP на практикумах, вначале использовал недорогие УФ фонарики с алиэкспресса, которые питались от одной АА батарей (на 1.5В). Но настоящий кайф случился, когда перешел на мощный фонарик с питанием от аккумулятора типа 18650 (3,7В). Берите Convoy S2 и не пожалеете, флуоресценция огонь просто. Такой фонарь не грех прорекламировать!
Я покупал на алиэкспрессе, но сейчас его можно найти и в озоне и, наверное, в WB.
Энжойте и пусть ваш GFP светит ярко!
Для преподавателя практических курсов по молекулярной биологии GFP (зеленый флуоресцентный белок) просто находка. Белок очень стабильный, его легко получить в большом количестве, можно экспрессировать и в бактерияхи в клетках эукариотов. К тому же еще и окрашен, а если подсветить ультрафиолетом еще и светится ярко!
Чем же лучше подсвечивать? Когда начинал применять GFP на практикумах, вначале использовал недорогие УФ фонарики с алиэкспресса, которые питались от одной АА батарей (на 1.5В). Но настоящий кайф случился, когда перешел на мощный фонарик с питанием от аккумулятора типа 18650 (3,7В). Берите Convoy S2 и не пожалеете, флуоресценция огонь просто. Такой фонарь не грех прорекламировать!
Я покупал на алиэкспрессе, но сейчас его можно найти и в озоне и, наверное, в WB.
Энжойте и пусть ваш GFP светит ярко!
Настольные книги. Аналитическая химия
Кристиан Г. - Аналитическая химия (2009). Очень полезная книга, особенно для начинающих биологов. В России издается в виде двухтомника, оба тома клевые.
В этой книге описываются основные понятия аналитической химии, автор пишет про качественный и количественный анализ. Что полезно юным падаванам - отличный раздел про то, как правильно готовить растворы, рассчитывать погрешности и калибровать мерную посуду. И что особенно интересно - описание принципа работы основных лабораторных приборов и различных рутинных методов. Думаю это будет особенно полезно биологам (сейчас не знаю, но у нас раньше этому недостаточно уделялось внимание).
Энжойте и просвещайтесь!
Кристиан Г. - Аналитическая химия (2009). Очень полезная книга, особенно для начинающих биологов. В России издается в виде двухтомника, оба тома клевые.
В этой книге описываются основные понятия аналитической химии, автор пишет про качественный и количественный анализ. Что полезно юным падаванам - отличный раздел про то, как правильно готовить растворы, рассчитывать погрешности и калибровать мерную посуду. И что особенно интересно - описание принципа работы основных лабораторных приборов и различных рутинных методов. Думаю это будет особенно полезно биологам (сейчас не знаю, но у нас раньше этому недостаточно уделялось внимание).
Энжойте и просвещайтесь!
Сколько белка на аффинном сорбенте?
При синтезе аффинных сорбентов полезно не только удостовериться, что белок иммобилизовался на шариках, но и определить сколько именно село.
Часто в протоколах приводят метод определениях концентрации лиганда путем измерения его содержания в исходном растворе и в проскоке после иммобилизации. Но мне кажется, так не совсем точно, часть белка остается в порах и уходит при промывке, а там белок разбавленный, толком не измеришь.
Но есть интересный способ определения концентрации иммобилизованного белка методом прямой спектрофотометрии сорбента.
Для этого нужно налить в кювету 100% глицерин, суспендировать небольшое количество промытого и подсушенного на фильтре сорбента с иммобилизованным белком. Перемешивать нужно аккуратно, чтобы не попали пузырьки воздуха. Глицерин предотвращает осаждение частиц и облегчает измерение.
Потом остается измерить поглощение при 280 нм против взвеси сорбента без белка. Вообще, можно еще и калибровочную кривую сделать, добавляя известное количество белка к суспензии исходного сорбента.
В литературе олды пишут еще про полиэтиленгликоголь и другие оптически прозрачные вязкие жидкости (концентрированный раствор сахарозы, этиленгликоль), но я только с глицерином делал.
Энжойте!
При синтезе аффинных сорбентов полезно не только удостовериться, что белок иммобилизовался на шариках, но и определить сколько именно село.
Часто в протоколах приводят метод определениях концентрации лиганда путем измерения его содержания в исходном растворе и в проскоке после иммобилизации. Но мне кажется, так не совсем точно, часть белка остается в порах и уходит при промывке, а там белок разбавленный, толком не измеришь.
Но есть интересный способ определения концентрации иммобилизованного белка методом прямой спектрофотометрии сорбента.
Для этого нужно налить в кювету 100% глицерин, суспендировать небольшое количество промытого и подсушенного на фильтре сорбента с иммобилизованным белком. Перемешивать нужно аккуратно, чтобы не попали пузырьки воздуха. Глицерин предотвращает осаждение частиц и облегчает измерение.
Потом остается измерить поглощение при 280 нм против взвеси сорбента без белка. Вообще, можно еще и калибровочную кривую сделать, добавляя известное количество белка к суспензии исходного сорбента.
В литературе олды пишут еще про полиэтиленгликоголь и другие оптически прозрачные вязкие жидкости (концентрированный раствор сахарозы, этиленгликоль), но я только с глицерином делал.
Энжойте!
Почему-то именно эта фраза запомнилась из сайта Molbiol.ru.
В году так в 2002, гогда у нас в Универе появилась возможность выходить в интернет, я частенько засиживался на этом сайте. Тогда в компьютерном зале библиотеки давали 2 часа на серфинг (да, было такое время, когда инет был труднодоступен!).
А сегодня зашел на сайт, а сайт оказывается больше не работает, такие дела.
Upd. Уф, оказывается работает, похоже у меня на телефоне с настройками что-то не так. Сорри за панику!
В году так в 2002, гогда у нас в Универе появилась возможность выходить в интернет, я частенько засиживался на этом сайте. Тогда в компьютерном зале библиотеки давали 2 часа на серфинг (да, было такое время, когда инет был труднодоступен!).
А сегодня зашел на сайт, а сайт оказывается больше не работает, такие дела.
Upd. Уф, оказывается работает, похоже у меня на телефоне с настройками что-то не так. Сорри за панику!