@coronamed

@coronamed

ЦКЗ Африки сообщают, что в Нигерии тоже обнаружен некий новый штамм с мутацией P681H (примыкает к сайту расщепления спайка протеазой фурином) -- мутант нашёлся при секвенировании образцов от 3 августа и 9 октября. Оснований считать его ответственным за резкий…

И у нас есть четвертый мутант, получивший название B.1.525.

У него три делеции: две в спайке, норковая 69-70 и 144 (обе присутствуют в британском варианте), и одна в белке nsp6 полипротеина ORF1ab, которая присутствует и у британца B.1.1.7, и у южноафриканца B.1.351, и у амазонца P.1. Три замены в спайке представляются биологически значимыми: E484K (она есть у южноафриканца, бразильца и нового британского мутанта и связана с иммунным ускользанием), F888L (на конце внутреннего пептида слияния) и Q677H (рядом с фуриновой вставкой, отвечающей за расщепление спайка и вход в клетку).

Этот мутант, как и другие три с новыми свойствами, "самозародился" и является независимым от других новых штаммов продуктом эволюции. Но где именно он возник?

В новостях он сейчас фигурирует как "новый вариант с мутацией E484K, обнаруженный в Британии", потому что самый ранний сиквенс, датируемый 15 декабря, действительно из Великобритании, и больше всего (39) сиквенсов этого варианта в базе GISAID тоже из Великобритании - но, думаем, это только из-за того, что Нигерия ничтожно мало секвенирует. В Британии за период с 15 декабря секвенировано 75749 геномов и найдено 39 случаев B.1.525 - а в Нигерии первый мутант пойман 29 декабря, с этой даты загружено всего 125 сиквенсов, из них 29 сиквенсов - почти четверть - это B.1.525.
Очень похоже, что этот младенец - нигерийский.

Нигерия - 7 страна в мире по численности населения (210 миллионов, в том числе 21 миллион - в Лагосе). В стране очень мало тестируют (чуть меньше 1,4 миллионов тестов за все время пандемии), официально зарегистрировано 142578 случаев ковида и 1702 смерти. Но даже с поправкой на недоучет и ковида, и общего числа смертей вряд ли можно сказать, что это популяция с высокой долей переболевших. Если нигерийское происхождение варианта подтвердится, эволюционным биологам и эпидемиологам предстоит еще раз подумать над тем, как и при каких условиях возникает и набирает силу ускользающая мутация E484K. Отметим, что у 1,5% населения Нигерии выявлен ВИЧ - доля значительно ниже, чем, например, в ЮАР с 19%, но в абсолютном выражении это почти 2 миллиона человек, в том числе дети, и только половина ВИЧ+ получает АРТ.

Африка справилась с первой волной ковида гораздо лучше, чем ожидалось: в июле коэффициент летальности CFR ковида в Африке был ниже среднемирового и оценивался в 2,1%. Однако к февралю этого года ВОЗ оценивал его уже в 2,6%, а по последним оценкам он достиг 3,7%. В январе число смертей на континенте выросло на 40% в сравнении с декабрем. В Лагосе потребность медучреждений в кислороде к середине января выросла в 5 раз.

www.group-telegram.com/pl/coronamed.com/1146

1.9K viewsedited  Feb 16, 2021 at 20:05

И у нас есть четвертый мутант, получивший название B.1.525.

У него три делеции: две в спайке, норковая 69-70 и 144 (обе присутствуют в британском варианте), и одна в белке nsp6 полипротеина ORF1ab, которая присутствует и у британца B.1.1.7, и у южноафриканца B.1.351, и у амазонца P.1. Три замены в спайке представляются биологически значимыми: E484K (она есть у южноафриканца, бразильца и нового британского мутанта и связана с иммунным ускользанием), F888L (на конце внутреннего пептида слияния) и Q677H (рядом с фуриновой вставкой, отвечающей за расщепление спайка и вход в клетку).

Этот мутант, как и другие три с новыми свойствами, "самозародился" и является независимым от других новых штаммов продуктом эволюции. Но где именно он возник?

В новостях он сейчас фигурирует как "новый вариант с мутацией E484K, обнаруженный в Британии", потому что самый ранний сиквенс, датируемый 15 декабря, действительно из Великобритании, и больше всего (39) сиквенсов этого варианта в базе GISAID тоже из Великобритании - но, думаем, это только из-за того, что Нигерия ничтожно мало секвенирует. В Британии за период с 15 декабря секвенировано 75749 геномов и найдено 39 случаев B.1.525 - а в Нигерии первый мутант пойман 29 декабря, с этой даты загружено всего 125 сиквенсов, из них 29 сиквенсов - почти четверть - это B.1.525.
Очень похоже, что этот младенец - нигерийский.

Нигерия - 7 страна в мире по численности населения (210 миллионов, в том числе 21 миллион - в Лагосе). В стране очень мало тестируют (чуть меньше 1,4 миллионов тестов за все время пандемии), официально зарегистрировано 142578 случаев ковида и 1702 смерти. Но даже с поправкой на недоучет и ковида, и общего числа смертей вряд ли можно сказать, что это популяция с высокой долей переболевших. Если нигерийское происхождение варианта подтвердится, эволюционным биологам и эпидемиологам предстоит еще раз подумать над тем, как и при каких условиях возникает и набирает силу ускользающая мутация E484K. Отметим, что у 1,5% населения Нигерии выявлен ВИЧ - доля значительно ниже, чем, например, в ЮАР с 19%, но в абсолютном выражении это почти 2 миллиона человек, в том числе дети, и только половина ВИЧ+ получает АРТ.

Африка справилась с первой волной ковида гораздо лучше, чем ожидалось: в июле коэффициент летальности CFR ковида в Африке был ниже среднемирового и оценивался в 2,1%. Однако к февралю этого года ВОЗ оценивал его уже в 2,6%, а по последним оценкам он достиг 3,7%. В январе число смертей на континенте выросло на 40% в сравнении с декабрем. В Лагосе потребность медучреждений в кислороде к середине января выросла в 5 раз.

BY @coronamed