group-telegram.com/rantiquity/555
Last Update:
Диаграмма Ленто названа так в честь Джины Ленто, впервые применившей метод для изучения эволюции ластоногих. Диаграмма позволяет оценить достоверность филогенетического дерева на основе бутстрепа.
Топология любого дерева, построенного на основе матрицы расстояния, зависит от выбранных признаков, метода связи и метрики расстояния. Бутстреп — повторные выборки — используются для того, чтобы проверить устойчивость каждой ветви дерева. Для этого строят обычно от 100 до 1000 деревьев, для обобщения которых, наряду с консенсусным деревом, используется диаграмма Ленто.
Построить такую диаграмму можно при помощи одноименной функции из пакета phangorn в R. При сравнении текстов — а для этого в стилометрии регулярно используются деревья — никаких допущений о происхождении не делается; смотрим только на степень поддержки каждого сплита.
На картинке — небольшой пример. По оси икс — сплиты (грубо говоря, какие диалоги «сидят» на одной ветви в дереве). Они расположены по убыванию поддержки.
По оси игрек — поддержка каждого сплита в виде столбика. Положительные значения — это число деревьев, где наблюдается такой сплит. Отрицательные значения — поддержка конфликтующих сплитов, которые невозможно отразить в том же дереве.
Первые десять сплитов — тривиальные (отдельная ветвь для каждого наблюдения). Здесь конфликта быть не может, и все столбики расположены выше нуля.
Но помимо них, 100%-ю поддержку имеет сплит, включающий три книги «Законов». Это значит, что такая группа есть во всех деревьях, созданных при помощи бутстрепа. За ней следует группа «Парменид» — «Кратил» и т.д. Диалоги, включенные в сплит, обозначены
Диаграмма Ленто хорошо показывает, что в любом дереве есть элемент случайности. Дерево — это только гипотеза, которую можно и нужно проверять. Недостаток такой диаграммы в том, что она быстро становится нечитаемой.
P.S. Диалоги выбраны случайным образом для примера, и никаких масштабных выводов на основе этой выборки делать не стоит.
#филогенетика
