День 46.

Developmental dynamics of lncRNAs across mammalian organs and species

Крутая статья, я был очень рад увидеть, что некоторые идеи, которые я использую, приходят на ум другим людям и даже кажется работают (и опубликовано это всего лишь в 2019, а не в 80х). У этой статьи есть "материнская" публикация в Nature (https://www.nature.com/articles/s41586-019-1338-5), предлагаю поглядеть на неё завтра.

#main_project #data

День 47.

Gene expression across mammalian organ development

См. описание из прошлого дня. Из non-related заметок: пока подписывался сегодня на интересных мне авторов, не удержался и систематически прошёлся по их публикациям. Нашёл огромную кучу интересных статей. Так что следующие дни должны быть увлекательными.

День 48

miRNA-independent function of long noncoding pri-miRNA loci

Сегодня статья, которая даёт ответ на вопрос, о котором я задумывался, но никогда внятно не задавал сам себе. Многие длинные некодирующие РНК являются хост-генами для микроРНК. Соответственно, возникает вопрос: это их единственная функция или нет? Как мне кажется, авторы подошли к решению проблемы довольно изящно.

День 49 + 50.

Последствия whole body ZSWIM8 KO

Скажу честно, вчера я просто уснул в девять вечера xd. Сегодня думал какие бы две статьи мы могли прочитать и вспомнил про ZSWIM8. Помните в четвертый день мы читали две статьи в Science про обнаружение ZSWIM8 как главного регулятора Target-Directed microRNA Degradation? Так вот, те же группы, Bartel Lab и Mendell Lab, также синхронно выпустили статьи про последствия ZSWIM8 KO. Правда уже не в Science, а Genome Research и Genes and Development соответственно. Эти статьи я уже читал, но не подробно. В общем, поехали.

P.S. Я там в разбор вставил видео из саплиментари, чувствительным не смотреть.

День 51.

Dual genome-wide coding and lncRNA screens in neural induction of induced pluripotent stem cells

Длинные некодирующие РНК, CRISPRi скрининг, нейрональный контекст. И в качестве ридаута не только скорость пролиферации/выживание, но ещё влияние на дифференцировку в NSCs. В общем дикий секс.

И классный шайниапп для тех, кто хочет посмотреть на данные в удобной форме: danlimlab.shinyapps.io/dualgenomewide

День 52.

Genome-Scale Perturbation of Long Noncoding RNA Expression Using CRISPR Interference

Сегодня читаю "протокольную" статью. Не знаю насколько полезными будут мои заметки, но оставлю их здесь энивей. Ну и интересно посмотреть как авторы видят дальнейшее развитие области.

День 54.

Molecular Identity of Human Outer Radial Glia during Cortical Development

Продолжаем пробираться через длинный список статей😎 Кстати, читать статьи от одних и тех же авторов блоками — довольно прикольно, должен признать. Можно отследить эволюцию идей.

День 55.

Human accelerated region 1 noncoding RNA is repressed by REST in Huntington's disease

Статья про HAR1A (мы говорили об этом гене уже несколько раз ранее), где было сделано хоть что-то экспериментальное. Я на неё смотрел пару раз и ничего интересного не увидел. Однако в разных местах на неё ссылаются чуть ли не как на статью, где описана молекулярная функция HAR1A... В общем сегодня я её прочитаю внимательно, может я что-то упускал всё это время.

P.S. Великих открытий таки не случилось, разобрал по дороге ещё одну статью про HAR1A. Там тоже не густо.

А ведь каждый раз, когда мы что-то клонируем, получаем клеточные линии или, тем паче, гмо мышей, мы создаем формы жизни, которые никогда не существовали ранее. Да, кривые-косые, но круто же!

День 57.

CRISPR screening by AAV episome-sequencing (CrAAVe-seq) is a highly scalable cell type-specific in vivo screening platform

Вчера пропустил день, потому что надо было делать задачи по работе до часа ночи:) Зато какую статью я раскопал на сегодня! Это препринт, поэтому надо относиться к данным с осторожностью, однако Martin Kampmann обычно делает очень качественные статьи! Ставлю, что авторы отправили статью в Nature Methods.

День 58.

Читал на ходу вчера и сегодня, тк взял выходной. Статья относительно проходная, но так как она про потенциальную роль miR-503-5p в мозге, прочитать надо было

День 59.

Network-aware self-supervised learning enables high-content phenotypic screening for genetic modifiers of neuronal activity dynamics

Судя по абстракту, статья выглядит как что-то очень концептуально свежее в мире высокопроизводительных фенотипических скринингов. Посмотрим-почитаем. Для оценки адеватности использования машинного обучения, призываю Диму и Дашу на фит разборов 😎

День 60.

A Massively Parallel CRISPR-Based Screening Platform for Modifiers of Neuronal Activity

Биорхив в очередной раз упал, поэтому держите наполовину разобранную статью🥲🤣 Доразберу завтра. И нет, я не свихнулся на криспр скринингах. Просто, как вы могли заметить, я иду по статьям лабы Мартина Кампманна xd

Доразобрал.

Сегодня целый день возился с анализом изображений. Один из моих нокдаунов приводит к тому, что нейроны умирают. Только вот в процессе умирания дендритный маркёр MAP2, который я как раз использую, "перетекает" в аксоны, где его быть не должно. В итоге получается, что клеток вроде бы меньше, чем в контроле, а пайплайн для анализа картинок говорит, что дендриты стали длиннее. Что конечно же неправда. И простым отсечением интенсивности сигнала тут не обойтись. В итоге я нашёл относительно простое решение, которым делюсь с вами. С не самой очевидной сегментацией относительно легко справляется софт Ilastik: https://www.ilastik.org/documentation/ Как устроена работа: однокнопочный мокрый биолог обводит то, что он считает сигналом и фоном. Приложение на основе информации от кучи встроенных фичей (интенсивность/тени/размер/и тд) строит классификатор и выдаёт сегментацию. В моём случае я смог относительно быстро и легко избавиться от аксонов, оставив дендриты без изменений. Вот полезные ютуб видосы как делать простую сегментацию и интегрировать данные с CellProfiler

https://www.youtube.com/watch?v=MaPareZNvCw
https://www.youtube.com/watch?v=89XPqczqhvU

Всем любителям РНК посвящается