small-seq

#методы #seq #новости

> Золотым стандартом разного рода метаболомики является ужасно дорогая масс-спектрометрия.
> Давно известно про разные последовательности НК, которые способны довольно специфически связывать какое-либо соединение. Например, аптамеры такие есть у рибозимов: связал, конформация изменилась, и что-то интересное произошло.

Люди взяли аптамеры и соединили их комплементарно с баркодом (НК-последовательность какая-то специфичная) – при специфичном взаимодействии с метаболитом баркод отваливается и его можно отсеквенировать. И по количеству этого свободного баркода в пробе можно посчитать содержание метаболита)

https://www.nature.com/articles/s41587-025-02554-7

Спасибо за новость PCR.news: https://pcr.news/novosti/metod-smol-seq-ispolzuet-dnk-aptamery-dlya-kolichestvennoy-metabolomiki/

Просто иду из лабы домой и захотелось поделиться, какой я сегодня молодец.

Поставил ПЦР с новыми праймерами. Почистил через форез, перевыделил, поставил лигирование и трансформировал всем этим делом клеточки. А параллельно ещё и второе дело сделал: дезинтегрировал клеточки с одной из изоформ и почистил её. Возможно, правда, во время дезинтеграции клеточек лизат немножечко перегрелся и... сварился... Но в осадок при центрифугировании белок не выпал, а на хроматографии всё было вроде бы красиво, поэтому буду думать, что всё хорошо.

Завтра встану в 8:00 утра, поем оладьев и пойду в любимую лабу обратно.

Upd. Окей, к 10 😅

Сегодня у нас был предмет-журнальный клуб, на котором я рассказывал две стародавние статьи по биосинтезу белка от Пола Замечника и Огаты/Нохары. Они обе по две страницы всего, но от этого читать их местами было только сложнее: такая степень сжатия... А ещё и sci-архаизмы*... А ещё ноль графиков и минимум данных – ощущение, будто людям на слово верили просто))

*Я минут десять пытался понять, что такое "меченая S-RNA", пока мне не напомнили, что так назвали тРНК (от слова soluble, растворимая). И сразу дошло, что мечена она была не до эксперимента, а во время (изучали механизм активации аминокислоты и переноса на тРНК)

Описать ощущения можно только цитатой на слайде)

Идти или не идти? Вот, в чем вопрос!

Как-то совесть мучает 😅

Форезы сами себя не поставят
Белки сами себя не сконцентрируют
Гены сами себя не заклонируют

Возможно ли совмещение аспирантуры с подработкой?

Если кратко: «абсолютно невозможно».

Если развёрнуто, то сначала кое-что уточним.
Аспирантура, требующая физического пребывания в лаборатории.
Подработка напрямую не связана с темой диссертации.
Совмещение, позволяющее за 3–4 года выйти на защиту.
Все админы этого канала прошли через аспирантуру, пытаясь её совмещать с разными подработками, суммарно сменив мест 15. А также у нас есть некоторая статистика опросов коллег.

Представьте: вы аспирант, получающий стипендию. Вам обещают гранты, ставки и прочие блага «когда-нибудь потом». Какие у вас варианты подработки? Разделим их на две категории: те, что задействуют потенциал вашего высшего образования, и те, что нет.

Второй вариант, как правило, представляет собой сферу услуг, общепит, курьерскую работу и т. п. Это очень тяжёлая работа, которая измотает вас быстрее, чем первый месяц аспирантуры успеет закончиться. Много вы знаете людей, задержавшихся в такой сфере хотя бы на год? А вам так предстоит потенциально все 3–4 года проработать. Но даже если сможете, тут важно учесть другое: тратя время на такие подработки, вы не нарабатываете профессиональный опыт по специальности, что очень сильно обесценивает вас на рынке труда. Даже защитившись, в глазах большинства работодателей в вашей области (в том числе и в академической среде) вы будете выглядеть как вчерашний студент.

Теперь вернёмся к первой категории работ. Их также разделим на две части: полная и частичная занятость. В первом случае, какой бы это формат ни был: 5/2, 2/2 или 3/1, — знайте, что идея «выходных мне хватит, чтобы сделать научную работу» в корне неверна! Во-первых, не хватит, а во-вторых, без полноценных выходных вы очень быстро измотаетесь. И если стараться игнорировать свою измотанность и вывозить на запасах своей молодости, то по окончании аспирантуры единственное, о чём вы будете мечтать, — это уйти жить в лес навсегда, забив на свою карьеру и научные достижения. Более того, раз времени, взятого в кредит (под высокие проценты!) у выходных, всё равно не хватит, то работа над диссертацией может затянуться до 10 лет.

Допустим, вы решили, что ради науки можно и потерпеть, а потому жить пока будете с родителями или в общаге, и без поездок на море летом (вообще в целом без поездок куда-либо). Просто покрываете свои траты на еду, Spotify и закладываете на амортизацию (одежда порвётся, телефон сломается, зуб заболит и т. п.). В таком случае вам кажется, что компромисс-то удастся найти в частичной занятости! Увы. Есть два момента. Первое — скорее всего, аспирантура будет проходить в крупном городе-миллионнике, что означает большие траты на дорогу. Если же в эту схему включается подработка (не дай бог, несколько), то готовьтесь жить в дороге! И да, первое время вам будет норм, но потом, приезжая вот так в лабораторию, вам будет нужен ещё час, только чтобы прийти в себя.

Ну окей. Допустим, общага в шаговой доступности от лаборатории, и подработку нашли в том же учреждении. Ура, казалось бы, ситуация win, но нет. По факту у вас теперь в жизни появилось два начальника — и это второй момент. Отныне ×2 стресса, хлопот, рабочих чатов и т. д. И всё это будет съедать у вас самое драгоценное — ваше «мыслетопливо». Наука — это не только про беготню по лаборатории, это ещё и про подумать, почитать. Иногда даже куда полезнее оставить эксперимент и просто выйти траву потрогать в середине рабочего дня, чтобы мысли устаканились, и со свежим взглядом вернуться к решению проблемы. Просто возьмите за аксиому следующее: если вся научная работа делается в БЕЗостановочной беготне, то ничего толкового не выйдет.

Да, есть люди, которые кажутся гигачадами-учёными: успевают всё, ведут блоги, мотивируют других. Но в 99% случаев за их успехом кто-то стоит (или родители донатят, или научрук за него диссертацию пишет, или что-то ещё). Оставшийся 1% — это люди с уникальной выносливостью. Не стоит на них равняться.
Берегите себя! Никакая карьера, тем более научная, не стоит вашего психического и физического здоровья.
#тишина_лабораторий

Непонятки с рестрикцией. Проверил рестриктазы: по отдельности работают и в своих буферах, и а общем. Режут и вектор для экспрессии, и вектор для клонирования, и ПЦР-продукт с него. А вместе не режут. Ещё и после HindIII, кажись, SacII резать не хочет. А из-за постоянных переочисток после рестрикции только одной, все теряется в итоге. Куча всяких мелких странностей во время экспериментов.

Что забавно, пишут, что SacII нуждается в двух сайтах рестрикции, а вектор, который рассчитан на обработку ей, содержит лишь один.

Великая Тихоходка, дай мне сил! Никак не мог подумать, что я три+ дней буду с этим возиться 🙈

*Флешбеки периода, когда я заклонировал кучу последовательностей, и внезапно все перестало получаться*

Параллельно читаю ещё одну классическую статью про адаптерную гипотезу для журнального клуба.

#не_капающая_обезьяна

Невероятной элегантности работа. Хватаюсь за волосы от осознания, какой же это был огромный геморрой!

https://doi.org/10.1073/pnas.48.6.1086

К сожалению, пока не до конца понял, почему при добавлении в бесклеточную систему трансляции бо́льшего количества ак-тРНК включение в белок снижается + некоторые данные в таблицах того же плана не понимаю. Завтра дочитаю и, надеюсь, все станет ясно. На крайний случай, преподаватель-ведущий клуба растолкует)

16 hours double digestion worked my beauties ✨✨✨💃💅

Таргетное удаление конкретной хромосомы

#гентеп

Охх, что творится-то, люди
Очень интересно, но, конечно, мне кажется, легче просто при ЭКО выбрать здоровый зародыш. Крут сам факт, что такое теперь можно сделать

https://pcr.news/novosti/tretyu-khromosomu-21-vyzyvayushchuyu-sindrom-dauna-udalili-iz-kletok-s-pomoshchyu-crispr-cas9/

Сегодня у нас вайбы металл-хелатной аффинной хроматографии

Воняет бета-меркаптоэтанолом аж до изжоги 🙊

Что, аж через картинку почуяли?)

А мне даже вытяжку не включить весь вечер было, ибо становится слишком холодно 😅

У нас так холодно, что пару раз SDS уже в буферах из наборов выпадал. Есть ощущение, что кит для выделения плазмидок из-за этого безвозвратно утрачен. Вроде и растворился обратно, но всё равно как-то скверно лизис происходит

У нас лёдогенератор создаёт хтонь-звуки а-ля Сайлент Хилл-стайл уже второй день

Было оч жутко видеть, как вчера под этот вой вдали, сгорбившись, ковыляет по темному коридору какой-то дедушка

Врач прописал от нервов