Должен признаться, что у меня очень волосатые руки.
Я знаю многих выдающихся ученых, работающих в области молекулярной биологии, и у всех них руки практически безволосые. Думаю, это означает, что хорошего ученого из меня не выйдет (ну и не вышло).
Я знаю многих выдающихся ученых, работающих в области молекулярной биологии, и у всех них руки практически безволосые. Думаю, это означает, что хорошего ученого из меня не выйдет (ну и не вышло).
В далеком 2020 году мне написали китайцы и попросили поделиться вирусами гипертермофильной бактерии (и самой бактерией), которые когда-то были изолированы в нашей лаборатории. По их работам я понял, что они обнаружили в этих бактериях защитную систему, которая вносит в ДНК фосфоротиоатные модификации (заменяет один из кислородов в фосфате на серу), и теперь ищут бактериофагов, чтобы проверить работу этой системы. Я был бы и не прочь поделиться этими вирусами, и они даже отправили мне какие-то запросы через FedEx; проблема была в том, что мне нужно было сделать какую-то "растаможку", и у меня совсем не было сил с этим разбираться. Еще ситуация осложнялась тем, что китайцы эти находятся в городе Ухань, а вирусы они предлагали отправить под видом раствора фосфата натрия; честно скажу, идея отправлять в Ухань какие-то вирусы в 2020 году меня совсем не вдохновила. Конечно, вирусы эти бактериальные, но объяснять все это фсбшникам мне бы не хотелось. В общем, я слился и ничего им не отправил. В какой-то момент мне позвонил какой-то китаец и на очень ломаном (еще более ломаном, нежели мой) английском сказал, что вирусы им очень важны. Я ответил, что да, вирусы реально важны, еще раз позвонил в этот гбс-брокер, понял, что я ничего не понял, и ничего не стал делать. Стыдно, да, вообще в научном сообществе принято делиться такими вещами.
Пять лет спустя у них реально вышла статья про фосфоротиоатные системы гипертермофильных организмов, причем в хорошем журнале вышла. В общем, гипертермофильные бактерии и археи кодируют систему из трех генов; один ген кодирует белок, который вносит фосфоротиоатные модификации, а два других кодируют нуклеазу и хеликазу; эти два белка образуют комплекс, который вносит одноцепочечные разрывы в ДНК, которая не содержит фосфоротиоатных модификаций. Так эта система позволяет повреждать чужеродную ДНК и защищает клетку от вирусов.
Интересная статья, они структуры сделали вот.
https://www.nature.com/articles/s41589-024-01832-w
#читаювсякоеговно
Пять лет спустя у них реально вышла статья про фосфоротиоатные системы гипертермофильных организмов, причем в хорошем журнале вышла. В общем, гипертермофильные бактерии и археи кодируют систему из трех генов; один ген кодирует белок, который вносит фосфоротиоатные модификации, а два других кодируют нуклеазу и хеликазу; эти два белка образуют комплекс, который вносит одноцепочечные разрывы в ДНК, которая не содержит фосфоротиоатных модификаций. Так эта система позволяет повреждать чужеродную ДНК и защищает клетку от вирусов.
Интересная статья, они структуры сделали вот.
https://www.nature.com/articles/s41589-024-01832-w
#читаювсякоеговно
Nature
A DNA phosphorothioation pathway via adenylated intermediate modulates Tdp machinery
Nature Chemical Biology - An, Tan and colleagues reveal an unusual DNA phosphorothioation Tdp system, where TdpC adenylates DNA backbone for sulfur incorporation and TdpAB provides anti-phage...
Земля без соли
В далеком 2020 году мне написали китайцы и попросили поделиться вирусами гипертермофильной бактерии (и самой бактерией), которые когда-то были изолированы в нашей лаборатории. По их работам я понял, что они обнаружили в этих бактериях защитную систему, которая…
Есть еще прикольный момент. Я в прошлом году ездил в Грузию на свадьбу к сектантам-христианам, и заехал на горячие источники, что располагаются неподалеку от города Зугдиди. Из этих источников я набрал воды, и в лаборатории выделил из этой воды одного злобного бактериофага, который заражает бактерию Thermus thermophilus. Фага решили назвать Цаца, в честь маленькой паршивой собачки, которой владеют друзья моего коллеги, патлатого эмо.
Геном этого бактериофага оказался очень похож на геном фага, который уже открыли до нас какие-то японцы. Однако геном нашего фага содержит добавочный ген, который кодирует фермент, очень похожий (но тут надо проверить) на тот фермент из этих фосфоротиоатных систем, который как раз вносит модификации в ДНК. И вот я сижу и думаю - может, этот ген позволяет фагу модифицировать свою ДНК (внедрять фосфоротиоатные модификации) и обходить защитные PT-системы клетки? Надо бы выделить ДНК из этого фага и проверить ее на наличие модификаций, да вот только масс-спектрометров подходящих поблизости как будто бы нет.
https://www.mdpi.com/1999-4915/16/9/1410
#читаювсякоеговно
Геном этого бактериофага оказался очень похож на геном фага, который уже открыли до нас какие-то японцы. Однако геном нашего фага содержит добавочный ген, который кодирует фермент, очень похожий (но тут надо проверить) на тот фермент из этих фосфоротиоатных систем, который как раз вносит модификации в ДНК. И вот я сижу и думаю - может, этот ген позволяет фагу модифицировать свою ДНК (внедрять фосфоротиоатные модификации) и обходить защитные PT-системы клетки? Надо бы выделить ДНК из этого фага и проверить ее на наличие модификаций, да вот только масс-спектрометров подходящих поблизости как будто бы нет.
https://www.mdpi.com/1999-4915/16/9/1410
#читаювсякоеговно
MDPI
New Viruses Infecting Hyperthermophilic Bacterium Thermus thermophilus
Highly diverse phages infecting thermophilic bacteria of the Thermus genus have been isolated over the years from hot springs around the world. Many of these phages are unique, rely on highly unusual developmental strategies, and encode novel enzymes. The…
Forwarded from Три звезды
Слушайте, очень важный вопрос для людей, имеющих отношение к преподаванию.
В одном из ведущих российских ВУЗов сейчас пишут учебник по биологии для продвинутых школ. В этих школах будут учиться дети из хороших семей, которые потом уедут в США или Европу и будут учить нас, как правильно бороться с режимом. По этой причине очень важно, чтобы эти дети получили качественное образование, в том числе в области биологии (в частности, для того, чтобы они могли опираться на научный бэкграунд, рассуждая о рабском сознании русских).
Учебник на текущий момент написан довольно сумбурно. В частности, есть большая проблема с разделами генетики и молекулярной биологии, которые идут как будто параллельно друг другу. Условно, в разделе генетики рассказывается про гены и их взаимодействия как про абстракции, слово "ДНК" там нигде не мелькает. В разделе молекулярной биологии рассказывается про ДНК, про гены и про регуляцию, но при чтении непонятно, как это соотносится с классической генетикой. Во многом это повторяет шизофреническую ситуацию, которая сложилась на биофаке МГУ, где генетика и молекулярная биология существуют параллельно друг другу. Тем не менее, думаю, что нужно попытаться найти выход из этого.
У вас есть на примете учебники и/или учебные курсы, где молбиол и то, что называется генетикой, органично бы сочетались? Есть идеи, как это вообще нужно преподавать?
В одном из ведущих российских ВУЗов сейчас пишут учебник по биологии для продвинутых школ. В этих школах будут учиться дети из хороших семей, которые потом уедут в США или Европу и будут учить нас, как правильно бороться с режимом. По этой причине очень важно, чтобы эти дети получили качественное образование, в том числе в области биологии (в частности, для того, чтобы они могли опираться на научный бэкграунд, рассуждая о рабском сознании русских).
Учебник на текущий момент написан довольно сумбурно. В частности, есть большая проблема с разделами генетики и молекулярной биологии, которые идут как будто параллельно друг другу. Условно, в разделе генетики рассказывается про гены и их взаимодействия как про абстракции, слово "ДНК" там нигде не мелькает. В разделе молекулярной биологии рассказывается про ДНК, про гены и про регуляцию, но при чтении непонятно, как это соотносится с классической генетикой. Во многом это повторяет шизофреническую ситуацию, которая сложилась на биофаке МГУ, где генетика и молекулярная биология существуют параллельно друг другу. Тем не менее, думаю, что нужно попытаться найти выход из этого.
У вас есть на примете учебники и/или учебные курсы, где молбиол и то, что называется генетикой, органично бы сочетались? Есть идеи, как это вообще нужно преподавать?
В человеческой иммунологии не разбираюсь и дальше абстракта не читал, но выглядит интересно.
Пишут (по крайней мере, как я это понял), что нарколепсия 1 типа вызывается аутоиммунной реакцией против нейронов, секретирующих орексины, а эта аутоиммунная реакция может вызываться перенесенной инфекцией некоторыми штаммами вируса гриппа(а также вакцинацией против этих вирусов гриппа, см. Pandemrix) из-за сходства между фрагментами вирусного белка и процессированным предшественником орексинов.
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1818150116
#читаювсякоеговно
Пишут (по крайней мере, как я это понял), что нарколепсия 1 типа вызывается аутоиммунной реакцией против нейронов, секретирующих орексины, а эта аутоиммунная реакция может вызываться перенесенной инфекцией некоторыми штаммами вируса гриппа
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1818150116
#читаювсякоеговно
PNAS
Autoimmunity to hypocretin and molecular mimicry to flu in type 1 narcolepsy
Type 1 narcolepsy (T1N) is caused by hypocretin/orexin (HCRT) neuronal loss. Association with the HLA DQB1*06:02/DQA1*01:02 (98% vs. 25%) heterodim...
Земля без соли
Некоторые бактериофаги в ходе инфекции используют клеточные белки, причем иногда используют их какими-то нестандартными способами. Например, фаг Qbeta, на который дрочил Шпигельман, для репликации использует свою вирусную RdRp и три клеточных белка - рибосомальный…
Какие-то китайцы намайнили новых гомологов Cas12 вирусного происхождения; пишут, что многие из обнаруженных ими белков содержат участки, для которых не предсказывается стабильной вторичной структуры (intrinsically disordered regions); предполагается, что за счет этих участков белки могут взаимодействовать с какими-то другими белками.
Тут для одного фагового Cas12 предсказали, что он связывается с клеточным белком тиоредоксином; эксперименты показывают, что он с ним действительно связывается, и присутствие тиоредоксина сильно повышает эффективность иммунного ответа против фагов (in vivo) и эффективность расщепления ДНК мишени (in vitro).
Статья, впрочем, как-то странно написана как будто, подробностей мало (непонятно вот, например, как они сконструировали sgRNA для этого Cas12). Почему-то этот вариант Cas12 они назвали "hacker". Почему хакер?
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.01.20.633832v1.abstract
#читаювсякоеговно
Тут для одного фагового Cas12 предсказали, что он связывается с клеточным белком тиоредоксином; эксперименты показывают, что он с ним действительно связывается, и присутствие тиоредоксина сильно повышает эффективность иммунного ответа против фагов (in vivo) и эффективность расщепления ДНК мишени (in vitro).
Статья, впрочем, как-то странно написана как будто, подробностей мало (непонятно вот, например, как они сконструировали sgRNA для этого Cas12). Почему-то этот вариант Cas12 они назвали "hacker". Почему хакер?
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.01.20.633832v1.abstract
#читаювсякоеговно
bioRxiv
AI-driven discovery of host thioredoxin as a CRISPR enhancer of phage-encoded miniature Cas12 hacker nuclease
The evolutionary arms race between bacteriophages and their bacterial hosts has driven the evolution of sophisticated adaptive immune systems, such as CRISPR-Cas, as a crucial defense mechanism. While bacteriophages have developed various anti-CRISPR strategies…
Земля без соли
Вот, кстати, как выглядит этот lox. В принципе я такое тоже ем иногда.
Изображение с сайта myjewishlearning.com.
Изображение с сайта myjewishlearning.com.
Земля без соли
Складывается устойчивое ощущение, что агар это довольно ебаная вещь для желирования сред. Выяснилось вот по ходу дела, что мои любимые гипертермофильные бактерии на чашках с геллановой камедью растут существенно лучше, чем агаре, да и сам агар на высокой температуре…
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Ну что, какой в научном сообществе консенсус - нарекается ли Панчин сукой, крысой и стукачом?
Земля без соли
Интересная история: https://www.group-telegram.com/carpet_T/140 Отдельно прикололся с того, что в качестве модели аутоиммунного заболевания используют мышей, которым вкалывают углеводород пристан. Механизм, кажется, не очень понятен, но вот тут упоминают, что и другие алканы…
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Среди ночи задумался о том, какие есть гетеротрофные организмы, способные, так сказать, к максимально автономному существованию - чтобы могли расти на самых простейших средах. Хотелось бы найти какую-нибудь скотину, которой для роста требуются источники азота и фосфора в форме неорганических солей, коктейль из микроэлементов, а чтобы в качестве источника углерода (ну и энергии) она бы жрала что-то совсем простое, вроде глицерина или метанола.
Я думал, что грибы на такое способны, но похоже, что скорее нет - N. crassa нужен биотин для роста. Это не очень интересно. Кто-нибудь знает таких тварей?
Цианобактерии могут расти на среде, состоящей только из минеральных солей (за исключением буферного компонента и хелаторов, чтобы все это в осадок не выпало), но это тоже не так интересно.
Я думал, что грибы на такое способны, но похоже, что скорее нет - N. crassa нужен биотин для роста. Это не очень интересно. Кто-нибудь знает таких тварей?
Цианобактерии могут расти на среде, состоящей только из минеральных солей (за исключением буферного компонента и хелаторов, чтобы все это в осадок не выпало), но это тоже не так интересно.
Интересно пишут. Кажется, автор канала специалист во всей этой шняге, я ему поверю.
Forwarded from A Certain Scientific Impostor
В конце 2024г. вышла важная публикация в области олигосинтеза.
В ней описан метод, которым обновили рекорд длины олига, который можно сделать фосфорамидитной химией - 1728 нуклеотидов. 0.041 nmol/g модифицированного стекловолокна, 0.016% выход. В финальном продукте процент ошибок - 0.0434%.
Еще в 2023 году считалось, что практический предел возможностей фосфорамидитной химии - синтез 200-меров, а 300 - уже теоретический предел. Для преодоления этого предела было предложено много подходов, в частности энзиматический синтез ДНК.
Суть нового метода - в хитром методе обогащения.
Классические методы очистки от побочных продуктов (обрывов цепи) заключаются в своего рода афинной очистке, на флуорофильных фазах с перфтор-замещенным тэгом или, чаще всего, в режиме DMT-ON на C18 картриджах твердофазной экстракции: последняя DMT-защита не снимается в конце синтеза, и таким образом получается, что целевой продукт полной длины оказывается более липофильным чем обрывы цепи. Следовательно, на обращённой фазе можно селективно обогатить сырой продукт с синтеза целевой последовательностью.
Но чем длиннее последовательность - тем менее эффективны афинные методы очистки.
Радикальное решение - способ обогащения через полимеризациюнамертво в полиакридамид, или, как его называют авторы,
Все побочники элюируются из сополимера, а потом тритил-содержащий линкер расцепляется в кислоте, высвобождая чистый целевой продукт.
Получить с синтезатора олиг длиной в довольно приличного размера ген - это реально game changer. Все таки подходы органической химии и фосфорамидитный синтез еще рановато списывать со счетов.
В ней описан метод, которым обновили рекорд длины олига, который можно сделать фосфорамидитной химией - 1728 нуклеотидов. 0.041 nmol/g модифицированного стекловолокна, 0.016% выход. В финальном продукте процент ошибок - 0.0434%.
Еще в 2023 году считалось, что практический предел возможностей фосфорамидитной химии - синтез 200-меров, а 300 - уже теоретический предел. Для преодоления этого предела было предложено много подходов, в частности энзиматический синтез ДНК.
Суть нового метода - в хитром методе обогащения.
Классические методы очистки от побочных продуктов (обрывов цепи) заключаются в своего рода афинной очистке, на флуорофильных фазах с перфтор-замещенным тэгом или, чаще всего, в режиме DMT-ON на C18 картриджах твердофазной экстракции: последняя DMT-защита не снимается в конце синтеза, и таким образом получается, что целевой продукт полной длины оказывается более липофильным чем обрывы цепи. Следовательно, на обращённой фазе можно селективно обогатить сырой продукт с синтеза целевой последовательностью.
Но чем длиннее последовательность - тем менее эффективны афинные методы очистки.
Радикальное решение - способ обогащения через полимеризацию
catching-by-polymerization (CBP)
метод. Делается это посредством специальной тритильной защиты с фрагментом акриламида на длинном линкере. Все побочники элюируются из сополимера, а потом тритил-содержащий линкер расцепляется в кислоте, высвобождая чистый целевой продукт.
Получить с синтезатора олиг длиной в довольно приличного размера ген - это реально game changer. Все таки подходы органической химии и фосфорамидитный синтез еще рановато списывать со счетов.
Forwarded from Биоспецифика
Здравствуйте, мы самые настоящие, но небольшие. Наборы для трансфекции у нас берут неплохо, ведь начало их разработки положил еще сам Pei Kib Breat
Этот скриншот был опубликован в то ли в 2017, то ли 2018 году в канале «Три звезды», который какое-то время был открытым.
Forwarded from Новые стансы к Марти́ну Алексеевичу
Кто видел, как я читаю курс по цифровой обработке сигналов, знает, что этот текст я обязательно зачитываю с выражением охуевающим студентам, они от этого обычно просыпаются как раз