@coronamed

Оба варианта сидят на более длинных ветвях филогенетического дерева, чем большинство текущих штаммов -- к ним привела более длинная цепочка мутаций. И вот что думают по этому поводу специалисты COVID-19 Genomics Consortium UK:

Какие эволюционные процессы или давление отбора могли привести к линии B.1.1.7?

О высоких темпах накопления мутаций в течение коротких периодов времени сообщалось ранее в исследованиях пациентов с иммунодефицитом или иммуносупрессией, хронически инфицированных SARS-CoV-2 (Choi et al.2020; Avanzato et al.2020; Kemp et al.2020). Для этих инфекций характерно обнаружение РНК SARS-CoV-2 в течение 2-4 месяцев или дольше (хотя есть также сообщения о длительных инфекциях у некоторых иммунокомпетентных людей). Пациентов лечат плазмой реконвалесцентов (иногда более одного раза) и обычно также препаратом ремдесивир. Секвенирование вирусного генома в случае этих инфекций выявляет необычно большое количество нуклеотидных изменений и делеционных мутаций и часто высокое соотношение несинонимичных и синонимичных изменений. Плазма выздоравливающих часто назначается при высокой вирусной нагрузке пациента, и Kemp et al. (2020) сообщают, что генетическое разнообразие вирусов внутри пациента увеличилось после лечения плазмой.

В таких обстоятельствах ожидается, что эволюционная динамика и давление отбора на популяцию вируса внутри пациента будут сильно отличаться от таковых при типичной инфекции. Во-первых, отбор естественных иммунных ответов у пациентов с иммунодефицитом / подавленным иммунитетом будет слабым или отсутствовать. Во-вторых, отбор, возникающий в результате терапии антителами, может быть сильным из-за высоких концентраций антител. В-третьих, если терапия антителами проводится после многих недель хронической инфекции, популяция вируса может быть необычно большой и генетически разнообразной в то время, когда применяется опосредованное антителами селективное давление, создавая подходящие условия для быстрой фиксации множественных генетических изменений вируса посредством прямой селекции и "генетического автостопа".

Эти соображения приводят нас к гипотезе о том, что необычная генетическая дивергенция линии B.1.1.7 могла быть результатом, по крайней мере частично, эволюции вируса в хронически инфицированном человеке. Хотя такие инфекции редки и дальнейшая передача от них предположительно еще реже, они не исключены, учитывая массовость инфекции.

Хотя мы предполагаем, что хроническая инфекция сыграла роль в происхождении варианта B.1.1.7, это остается гипотезой, и мы еще не можем сделать вывод о точной природе этого события.

Сценарий, о котором мы писали применительно к escape mutants:
Инкубатором для выведения нужного мутанта могут стать пациенты с ослабленной иммунной системой — такой мутант может появиться, например, в стационаре, доме престарелых, лечебнице.

Virological

Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations

Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations Report written by: Andrew Rambaut1, Nick Loman2, Oliver Pybus3, Wendy Barclay4, Jeff Barrett5, Alesandro Carabelli6, Tom Connor7, Tom…

www.group-telegram.com/ua/coronamed.com/942

1.6K viewsedited  Dec 20, 2020 at 09:09

Оба варианта сидят на более длинных ветвях филогенетического дерева, чем большинство текущих штаммов -- к ним привела более длинная цепочка мутаций. И вот что думают по этому поводу специалисты COVID-19 Genomics Consortium UK:

Какие эволюционные процессы или давление отбора могли привести к линии B.1.1.7?

О высоких темпах накопления мутаций в течение коротких периодов времени сообщалось ранее в исследованиях пациентов с иммунодефицитом или иммуносупрессией, хронически инфицированных SARS-CoV-2 (Choi et al.2020; Avanzato et al.2020; Kemp et al.2020). Для этих инфекций характерно обнаружение РНК SARS-CoV-2 в течение 2-4 месяцев или дольше (хотя есть также сообщения о длительных инфекциях у некоторых иммунокомпетентных людей). Пациентов лечат плазмой реконвалесцентов (иногда более одного раза) и обычно также препаратом ремдесивир. Секвенирование вирусного генома в случае этих инфекций выявляет необычно большое количество нуклеотидных изменений и делеционных мутаций и часто высокое соотношение несинонимичных и синонимичных изменений. Плазма выздоравливающих часто назначается при высокой вирусной нагрузке пациента, и Kemp et al. (2020) сообщают, что генетическое разнообразие вирусов внутри пациента увеличилось после лечения плазмой.

В таких обстоятельствах ожидается, что эволюционная динамика и давление отбора на популяцию вируса внутри пациента будут сильно отличаться от таковых при типичной инфекции. Во-первых, отбор естественных иммунных ответов у пациентов с иммунодефицитом / подавленным иммунитетом будет слабым или отсутствовать. Во-вторых, отбор, возникающий в результате терапии антителами, может быть сильным из-за высоких концентраций антител. В-третьих, если терапия антителами проводится после многих недель хронической инфекции, популяция вируса может быть необычно большой и генетически разнообразной в то время, когда применяется опосредованное антителами селективное давление, создавая подходящие условия для быстрой фиксации множественных генетических изменений вируса посредством прямой селекции и "генетического автостопа".

Эти соображения приводят нас к гипотезе о том, что необычная генетическая дивергенция линии B.1.1.7 могла быть результатом, по крайней мере частично, эволюции вируса в хронически инфицированном человеке. Хотя такие инфекции редки и дальнейшая передача от них предположительно еще реже, они не исключены, учитывая массовость инфекции.

Хотя мы предполагаем, что хроническая инфекция сыграла роль в происхождении варианта B.1.1.7, это остается гипотезой, и мы еще не можем сделать вывод о точной природе этого события.

Сценарий, о котором мы писали применительно к escape mutants:
Инкубатором для выведения нужного мутанта могут стать пациенты с ослабленной иммунной системой — такой мутант может появиться, например, в стационаре, доме престарелых, лечебнице.

BY @coronamed