Электрофорез в крахмале - как это было
Как пишут в соседнем канале: ВЫШЛО! ВЫШЛО! ВЫШЛО!
Наконец доделал пост об интересном этапе развития метода разделения белков - электрофорезе в крахмальном геле. Про этот метод сейчас немногие знают, думаю, будет интересно.
Энжойте и просвещайтесь!
Как пишут в соседнем канале: ВЫШЛО! ВЫШЛО! ВЫШЛО!
Наконец доделал пост об интересном этапе развития метода разделения белков - электрофорезе в крахмальном геле. Про этот метод сейчас немногие знают, думаю, будет интересно.
Энжойте и просвещайтесь!
Telegraph
Электрофорез в крахмальном геле - один из почти забытых способов электрофореза
Когда речь идет об электрофоретическом разделении белков чаще всего на ум приходит электрофорез в полиакриламидном геле (ну еще агароза, но для белков все же это экзотика). Но до появления полиакриламидного геля ученые применяли разные материалы для разделения…
Фильтруй не отходя от кассы
На сайте стеклодувной фирмы Adams & Chittenden попалась фотка кастомной двухгорлой круглодонной колбы спаянной с воронкой Бюхнера. Как им объяснил заказчик этот девайс нужен для синтеза в атмосфере аргона с последующей фильтрацией продукта без контакта продукта с воздухом (но фильтр-то открыт, не очень понятно как этот вопрос решают).
На сайте стеклодувной фирмы Adams & Chittenden попалась фотка кастомной двухгорлой круглодонной колбы спаянной с воронкой Бюхнера. Как им объяснил заказчик этот девайс нужен для синтеза в атмосфере аргона с последующей фильтрацией продукта без контакта продукта с воздухом (но фильтр-то открыт, не очень понятно как этот вопрос решают).
Сами с амплификаторами!
После изобретения Кэрри Муллисом полимерзно-цепной реакции началось как бурное развитие методов молекулярной биологии, так и появление различных приборов.
Коммерческие термоциклеры появились не сразу и даже после появления поначалу они были доступны не всем. Поэтому зачастую для своих исследований ученые сами изготовляли амплификаторы.
Не остались в стороне и отечественные ученые, сегодня пост о термоциклере, который собрали в начале 1990х в Кирове.
Прибор на фото - разработка Владимира Зубова (тот самый genseq из форума сайта молбиол ру, олды помнят!).
По словам Владимира, он разрабатывал прибор со знакомым схемотехником в начале 90-х. Идея его, а разработчик - Александр Лысенко:
«В те далёкие времена я тоже изобретал амплификаторы. Но на 6 пробирок по 1...2 мкл. Пробирки делались из кусочков обычной полиэтиленовой трубки. Эти кусочки на одном конце закрывались парафиновым маслом, а второй конец одевался на микротермистор, который служил и измерителем температуры, и нагревателем. Вся электроника вместе с термисторами размещалась в коробочке из под дискет.
Этот термоциклер был назван "Термитом". Всего было изготовлено два варианта. Слева - первый, справа - второй (он же последний). Нагревались "минимикропробирки" микротермисторами со скоростью 5...6 градусов, а охлаждались самопроизвольно - 6...8 град./сек в диапазоне 80...90градусов, и от 4 до 6 град./сек при 60...80 градусах. Работоспособность была доказана на самодельных же приборах для электрофореза с микролунками и пропеллером. Этот спецприбор был назван "Карлсоном" из-за наличия микровентилятора, обеспечивающего охлаждение и циркуляцию буфера»
Интересный рассказ из истории развития молекулярной биологии!
Энжойте!
После изобретения Кэрри Муллисом полимерзно-цепной реакции началось как бурное развитие методов молекулярной биологии, так и появление различных приборов.
Коммерческие термоциклеры появились не сразу и даже после появления поначалу они были доступны не всем. Поэтому зачастую для своих исследований ученые сами изготовляли амплификаторы.
Не остались в стороне и отечественные ученые, сегодня пост о термоциклере, который собрали в начале 1990х в Кирове.
Прибор на фото - разработка Владимира Зубова (тот самый genseq из форума сайта молбиол ру, олды помнят!).
По словам Владимира, он разрабатывал прибор со знакомым схемотехником в начале 90-х. Идея его, а разработчик - Александр Лысенко:
«В те далёкие времена я тоже изобретал амплификаторы. Но на 6 пробирок по 1...2 мкл. Пробирки делались из кусочков обычной полиэтиленовой трубки. Эти кусочки на одном конце закрывались парафиновым маслом, а второй конец одевался на микротермистор, который служил и измерителем температуры, и нагревателем. Вся электроника вместе с термисторами размещалась в коробочке из под дискет.
Этот термоциклер был назван "Термитом". Всего было изготовлено два варианта. Слева - первый, справа - второй (он же последний). Нагревались "минимикропробирки" микротермисторами со скоростью 5...6 градусов, а охлаждались самопроизвольно - 6...8 град./сек в диапазоне 80...90градусов, и от 4 до 6 град./сек при 60...80 градусах. Работоспособность была доказана на самодельных же приборах для электрофореза с микролунками и пропеллером. Этот спецприбор был назван "Карлсоном" из-за наличия микровентилятора, обеспечивающего охлаждение и циркуляцию буфера»
Интересный рассказ из истории развития молекулярной биологии!
Энжойте!
Forwarded from Владимир Зубов
А приборы для горизонтального фореза делали в Курчатовском институте. Сотрудники из НИИ Вирусологии их "покупали" за спирт через дыру в заборе строго режимного учреждения.
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Набить наконечники без студента!
Как известно, для того, чтобы набить наконечники для дозаторов нужны сами наконечники, коробка для наконечников и студент для набивки наконечников.
А один товарищ придумал нехитрый девайс для сортировки наконечников и облегчения их набивки. Принцип работы - на видео, скачал с замедленного ютуба. Модели для 200 мкл носиков можно скачать тут (исходно на Thingiverse были модели и для 10 мкл, но оттуда снесли).
Энжойте и набивайте носики быстро!
Как известно, для того, чтобы набить наконечники для дозаторов нужны сами наконечники, коробка для наконечников и студент для набивки наконечников.
А один товарищ придумал нехитрый девайс для сортировки наконечников и облегчения их набивки. Принцип работы - на видео, скачал с замедленного ютуба. Модели для 200 мкл носиков можно скачать тут (исходно на Thingiverse были модели и для 10 мкл, но оттуда снесли).
Энжойте и набивайте носики быстро!
Зеленая смерть для бактерий!
При очистке и выделении белков чаще всего конечный продукт бесцветный, но среди белков встречаются и окрашенные. Например, гемоглобин (красный цвет из-за гемовой группы), разные флуоресцентные белки, такие как зеленый флуоресцентный белок, (хромофор GFP - из аминокислот образующих цикл), церрулоплазмин (синий цвет из-за меди).
Сегодняшний пример - лактопероксидаза, которая заодно почистилась, когда выделял лактоферрин из козьего молока. Очистка несложная - из молока на сепараторе удаляется жир, потом подкислением удаляются казеины и ионообменной хроматографией можно выделить лактопероксидазу.
Фермент очень интересный - это гемсодержащий гликопротеин, который обнаруживается в молоке, слюне, слезной жидкости, на слизистой оболочке дыхательных путей. Он катализирует окисление тиоцианата (SCN-) (а также йодида или бромида) перекисью водорода с образованием гипотиоцината (OSCN-) обладающего антимикробной активностью (в 500 раз более активной, чем перекись водорода). Субстрат фермента животные получают с пищей, а перекись - в том числе в результате деятельности бактерий (сами себе могилку копают, получается). Ингибирование роста или инактивация микроорганизмов происходит в результате окисления сульфгидрильных групп в ферментах и других ключевых белках, что нарушает их жизнедеятельность.
Белок довольно стабильный - выдерживает нагрев до 72С в течение 30 минут, его сейчас часто добавляют в продукты питания, для повышения срока хранения, в косметические средства - для антимикробного эффекта.
Прикол лактопероксидазы не только в природных защитных свойствах - этот белок можно использовать мечения белков по тирозинам изотопом йода-121. Попадались статьи, где его предлагали использовать в качестве ферментативной метки в ИФА.
При очистке и выделении белков чаще всего конечный продукт бесцветный, но среди белков встречаются и окрашенные. Например, гемоглобин (красный цвет из-за гемовой группы), разные флуоресцентные белки, такие как зеленый флуоресцентный белок, (хромофор GFP - из аминокислот образующих цикл), церрулоплазмин (синий цвет из-за меди).
Сегодняшний пример - лактопероксидаза, которая заодно почистилась, когда выделял лактоферрин из козьего молока. Очистка несложная - из молока на сепараторе удаляется жир, потом подкислением удаляются казеины и ионообменной хроматографией можно выделить лактопероксидазу.
Фермент очень интересный - это гемсодержащий гликопротеин, который обнаруживается в молоке, слюне, слезной жидкости, на слизистой оболочке дыхательных путей. Он катализирует окисление тиоцианата (SCN-) (а также йодида или бромида) перекисью водорода с образованием гипотиоцината (OSCN-) обладающего антимикробной активностью (в 500 раз более активной, чем перекись водорода). Субстрат фермента животные получают с пищей, а перекись - в том числе в результате деятельности бактерий (сами себе могилку копают, получается). Ингибирование роста или инактивация микроорганизмов происходит в результате окисления сульфгидрильных групп в ферментах и других ключевых белках, что нарушает их жизнедеятельность.
Белок довольно стабильный - выдерживает нагрев до 72С в течение 30 минут, его сейчас часто добавляют в продукты питания, для повышения срока хранения, в косметические средства - для антимикробного эффекта.
Прикол лактопероксидазы не только в природных защитных свойствах - этот белок можно использовать мечения белков по тирозинам изотопом йода-121. Попадались статьи, где его предлагали использовать в качестве ферментативной метки в ИФА.
Открываются и закрываются!
В наше время для закрытия диализных мешков часто используют специальные зажимы. В верхнем зажиме есть отверстия для закрепления мешка, а нижние зажимы часто идут с утяжелителями.
А в 1960х для закрывания диализных трубок чаще всего завязывали концы трубки узллами или толстыми нитками. Метод завязывания нитками вполне рабочий, сам часто так делаю. Но, если нужно во время диализа отбирать пробы, да еще в нескольких мешочках, то нитки усложняют работу. Кроме того, так сложнее маркировать отдельные мешочки.
В короткой заметке Дональда Таппана (Donald Tappan, 1966) автор предлагал использовать зажим Гофмана с кусочком резиновой трубочки для закрывания диализного мешочка. С помощью такого метода мешочки надежно закрываются, а когда нужно, легко открываются. И пометить отдельные мешочки проще - всего лишь закрепить бирку на зажиме.
Отдельный прикол, что другой ученый, Van Oss, в статье “The Hazards of Knotting Dialysis Bags” (1967) критикует автора за то, что он оставил второй конец мешочка завязанным узлом. Дескать, один узел протекает, нужно минимум три (представляете, такие лайфхаки еще и публиковали!). Лично мне кажется, что надежнее завязывать сложенный конец мешочка ниткой, а не завязывать узлом.
В наше время многие рабочие моменты проходят проще, но, если, что у вас есть план Б.
Энжойте!
P.S. А вот тут - лайфхак как сделать мини-диализные кассеты.
В наше время для закрытия диализных мешков часто используют специальные зажимы. В верхнем зажиме есть отверстия для закрепления мешка, а нижние зажимы часто идут с утяжелителями.
А в 1960х для закрывания диализных трубок чаще всего завязывали концы трубки узллами или толстыми нитками. Метод завязывания нитками вполне рабочий, сам часто так делаю. Но, если нужно во время диализа отбирать пробы, да еще в нескольких мешочках, то нитки усложняют работу. Кроме того, так сложнее маркировать отдельные мешочки.
В короткой заметке Дональда Таппана (Donald Tappan, 1966) автор предлагал использовать зажим Гофмана с кусочком резиновой трубочки для закрывания диализного мешочка. С помощью такого метода мешочки надежно закрываются, а когда нужно, легко открываются. И пометить отдельные мешочки проще - всего лишь закрепить бирку на зажиме.
Отдельный прикол, что другой ученый, Van Oss, в статье “The Hazards of Knotting Dialysis Bags” (1967) критикует автора за то, что он оставил второй конец мешочка завязанным узлом. Дескать, один узел протекает, нужно минимум три (представляете, такие лайфхаки еще и публиковали!). Лично мне кажется, что надежнее завязывать сложенный конец мешочка ниткой, а не завязывать узлом.
В наше время многие рабочие моменты проходят проще, но, если, что у вас есть план Б.
Энжойте!
P.S. А вот тут - лайфхак как сделать мини-диализные кассеты.
Диализ еще проще
После предыдущего поста про диализ Ulka поделилась пущинскими лайфхаками в диализе. У них есть устройства, которые позволяют просто закрывать диализные мешочки с возможностью отбора проб.
Мастера предыдущей эпохи изготовили стеклянные вороночки разного диаметра на которые натягиваются диализные мешочки и уплотнительные колечки из тефлона, которые крепко закрепляют мешочки. Вся это конструкция устанавливаются в “тарелочку”, которая удерживает мешочек на стакане.
Таким способом можно отбирать пробы во время диализа и остается место на увеличение объема содержимого мешочка. Такую конструкцию успешно используют и для концентрирования образцов (например на ПЭГе).
Советские технологии в деле! Энжойте!
После предыдущего поста про диализ Ulka поделилась пущинскими лайфхаками в диализе. У них есть устройства, которые позволяют просто закрывать диализные мешочки с возможностью отбора проб.
Мастера предыдущей эпохи изготовили стеклянные вороночки разного диаметра на которые натягиваются диализные мешочки и уплотнительные колечки из тефлона, которые крепко закрепляют мешочки. Вся это конструкция устанавливаются в “тарелочку”, которая удерживает мешочек на стакане.
Таким способом можно отбирать пробы во время диализа и остается место на увеличение объема содержимого мешочка. Такую конструкцию успешно используют и для концентрирования образцов (например на ПЭГе).
Советские технологии в деле! Энжойте!
Forwarded from Докторские байки
Молекулярный биолог, поздравляй правильно!