Однако верующие, пришедшие на собрание, сумели отстоять храм от закрытия. В октябре 1937 года сотрудники Коломенского районного отделения НКВД решили арестовать отца Матфея. Для дачи показаний было вызвано несколько человек, жителей села Мячково, которые подписали необходимые показания.

31 октября 1937 года протоиерей Матфей Алоин был арестован сотрудниками НКВД и заключен в Коломенскую тюрьму. Вскоре отец Матфей был переведен в Таганскую тюрьму в Москве. Здесь священника 13 ноября допросили ещё раз. 14 ноября 1937 года тройка НКВД по Московской области приговорила отца Матфея к расстрелу за "антисоветскую агитацию, участие в к/р церковно-монашеской группе в с. Мячково". 25 ноября 1937 года был расстрелян на полигоне Бутово под Москвой и погребен в безвестной общей могиле.

Причислен к лику святых Новомучеников Российских постановлением Священного Синода 17 июля 2004 года для общецерковного