@coronamed

Итак, подтвердился новый штамм в бразильском Манаусе – том самом городе в Амазонии, где "все переболели" - якобы 76% населения к октябрю имело контакт с вирусом.

В штате Амазонас живет 4 миллиона, 2 из них могут добраться до Манауса, где есть стационары, только по рекам Риу-Негру и Амазонке, набившись в лодки. Город является зоной свободной торговли с международным аэропортом, что означает завоз штаммов извне: так, в Манаусе ранее обнаруживались 4 штамма SARS-CoV2 из Колумбии, Дании и Великобритании, которые не были идентифицированы больше нигде в Бразилии. А ещё в дождевых лесах Амазонии крупнейший анклав диких летучих мышей. Что могло пойти не так?

Первый случай инфекции в Манаусе был выявлен 13 марта. К концу апреля по официальным данным в штате умирало от ковида по 50 человек в день, но поскольку тестирование было ограниченным, а ковид часто классифицировался как респираторное заболевание, эксперты предполагают, что в штате было в 5 раз больше инфекций и в 2 раза больше смертей. Власти хоронили умерших в братских могилах.

Медсестра Франсинет Симоэнс из центра неотложной помощи при ковиде:
Многие люди не верили, что пандемия реальна. Манаус - это оплот избирателей президента Бразилии Жаира Болсонару, который неоднократно отвергал COVID-19 как «маленький грипп».

Эти же многие люди не верили, что ковид снова придёт в город, который так сильно пострадал от первой волны – особенно с учетом данных о 76% переболевших. Такими данными всех оптимистов обеспечили ученые, которые в погоне за славой часто не ведают, что творят.

Группа из Института тропической медицины Университета СанПаулу в сентябре выложила препринт исследования COVID-19 herd immunity in the Brazilian Amazon. Они протестировали на антитела пробы донорской крови, сданные в каждом месяце с февраля по август в Манаусе и Сан-Паулу. Опираясь на сомнительные методики расчета, авторы работы вывели доли переболевших по состоянию на август 66,1% для Манауса и 22,4% для Сан-Паулу (теоретический порог коллективного иммунитета при R0=2.5 они оценили в ~60%).

К декабрю они доработали исследование и выложили его с новым заголовком Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic и ещё более жизнеутверждающим выводом: С поправкой на случаи без определяемого уровня антител и на снижение титра антител со временем, мы оцениваем attack rate (долю переболевших) в 66% в июне и в 76% в октябре.

Некоторые эксперты говорили о том, что работа не выдерживает критики, что доноры крови с любыми математическими поправками не являются репрезентативной выборкой, что перспектива бесплатного тестирования на COVID-19 при сдаче крови побуждала к донорству именно переболевших и контактных, что центр крови сотрудничал с Uber и предлагал скидку донорам, едущим сдавать кровь, и вся эта аналитика ровным счетом никуда не годится – но дело было сделано: новости о коллективном иммунитете разошлись по городу, на их основе политики приняли решение об ослаблении ограничений, а население в одностороннем порядке объявило эпидемию оконченной, вернувшись в рестораны, на пляжи и рейвы.

По данным Brasil.io, на 1 сентября 2020 семидневное скользящее среднее для новых инфекций в штате Амазонас составляло 565. К 1 октября этот средний показатель вырос до 850.

Однако когда The Telegraph взял комментарий у заместителя главы департамента здравоохранения штата Амазонас доктора Талеса Шинкариола, тот объяснил, что второй волны нет и не ожидается:

В Амазонасе высокий уровень сопутствующих заболеваний, включая диабет и гипертонию, что усугубляет течение инфекции - не случайно, все четыре пациента, находящиеся сейчас в ОРИТ ковидного госпиталя Delphina Aziz страдают ожирением.

Разумеется, мне некомфортно от того, что вирус все еще в популяции, но исследования показывают, что две трети Манауса уже переболели. Мы не знаем точного порога коллективного иммунитета, но поскольку мы перешли 50% отметку, второй волны мы не ожидаем.

TBC⬇️

medRxiv

COVID-19 herd immunity in the Brazilian Amazon

The herd immunity threshold is the proportion of a population that must be immune to an infectious disease, either by natural infection or vaccination such that, in the absence of additional preventative measures, new cases decline and the effective reproduction…

www.group-telegram.com/ye/coronamed.com/1010

1.6K viewsedited  Jan 13, 2021 at 10:34

Итак, подтвердился новый штамм в бразильском Манаусе – том самом городе в Амазонии, где "все переболели" - якобы 76% населения к октябрю имело контакт с вирусом.

В штате Амазонас живет 4 миллиона, 2 из них могут добраться до Манауса, где есть стационары, только по рекам Риу-Негру и Амазонке, набившись в лодки. Город является зоной свободной торговли с международным аэропортом, что означает завоз штаммов извне: так, в Манаусе ранее обнаруживались 4 штамма SARS-CoV2 из Колумбии, Дании и Великобритании, которые не были идентифицированы больше нигде в Бразилии. А ещё в дождевых лесах Амазонии крупнейший анклав диких летучих мышей. Что могло пойти не так?

Первый случай инфекции в Манаусе был выявлен 13 марта. К концу апреля по официальным данным в штате умирало от ковида по 50 человек в день, но поскольку тестирование было ограниченным, а ковид часто классифицировался как респираторное заболевание, эксперты предполагают, что в штате было в 5 раз больше инфекций и в 2 раза больше смертей. Власти хоронили умерших в братских могилах.

Медсестра Франсинет Симоэнс из центра неотложной помощи при ковиде:
Многие люди не верили, что пандемия реальна. Манаус - это оплот избирателей президента Бразилии Жаира Болсонару, который неоднократно отвергал COVID-19 как «маленький грипп».

Эти же многие люди не верили, что ковид снова придёт в город, который так сильно пострадал от первой волны – особенно с учетом данных о 76% переболевших. Такими данными всех оптимистов обеспечили ученые, которые в погоне за славой часто не ведают, что творят.

Группа из Института тропической медицины Университета СанПаулу в сентябре выложила препринт исследования COVID-19 herd immunity in the Brazilian Amazon. Они протестировали на антитела пробы донорской крови, сданные в каждом месяце с февраля по август в Манаусе и Сан-Паулу. Опираясь на сомнительные методики расчета, авторы работы вывели доли переболевших по состоянию на август 66,1% для Манауса и 22,4% для Сан-Паулу (теоретический порог коллективного иммунитета при R0=2.5 они оценили в ~60%).

К декабрю они доработали исследование и выложили его с новым заголовком Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic и ещё более жизнеутверждающим выводом: С поправкой на случаи без определяемого уровня антител и на снижение титра антител со временем, мы оцениваем attack rate (долю переболевших) в 66% в июне и в 76% в октябре.

Некоторые эксперты говорили о том, что работа не выдерживает критики, что доноры крови с любыми математическими поправками не являются репрезентативной выборкой, что перспектива бесплатного тестирования на COVID-19 при сдаче крови побуждала к донорству именно переболевших и контактных, что центр крови сотрудничал с Uber и предлагал скидку донорам, едущим сдавать кровь, и вся эта аналитика ровным счетом никуда не годится – но дело было сделано: новости о коллективном иммунитете разошлись по городу, на их основе политики приняли решение об ослаблении ограничений, а население в одностороннем порядке объявило эпидемию оконченной, вернувшись в рестораны, на пляжи и рейвы.

По данным Brasil.io, на 1 сентября 2020 семидневное скользящее среднее для новых инфекций в штате Амазонас составляло 565. К 1 октября этот средний показатель вырос до 850.

Однако когда The Telegraph взял комментарий у заместителя главы департамента здравоохранения штата Амазонас доктора Талеса Шинкариола, тот объяснил, что второй волны нет и не ожидается:

В Амазонасе высокий уровень сопутствующих заболеваний, включая диабет и гипертонию, что усугубляет течение инфекции - не случайно, все четыре пациента, находящиеся сейчас в ОРИТ ковидного госпиталя Delphina Aziz страдают ожирением.

Разумеется, мне некомфортно от того, что вирус все еще в популяции, но исследования показывают, что две трети Манауса уже переболели. Мы не знаем точного порога коллективного иммунитета, но поскольку мы перешли 50% отметку, второй волны мы не ожидаем.

TBC⬇️

BY @coronamed