@coronamed

Грустно видеть, как поздно научное сообщество оценило реальный мутационный потенциал ковида, как мало человечество может противопоставить эволюции вируса и как много времени еще пройдет до принятия мер - но есть и хорошие новости.

С первого года пандемии постдоки Элисон Грини и Тейлор Старр под руководством Джесси Блума ведут важную работу, которая уже дала нам калькулятор иммунного ускользания. Мы писали о работе лаборатории Блума здесь, здесь и здесь, а о том, как этот калькулятор подтвердил свою эффективность на омикроне - здесь.

По нашему мнению, это самое интересное, что происходит сейчас в борьбе с пандемией - поэтому всячески рекомендуем статью Кэрри Арнольд Evolution ‘Landscapes’ Predict What’s Next for COVID Virus, вышедшую на прошлой неделе в Quanta Magazine.

Некоторые цитаты оттуда:

Хорошо адаптированный вирус сегодня может стать неприспособленным завтра, когда у хозяина выработается устойчивость, и тогда ему придется найти новый способ заразить этого хозяина.

В «Происхождении видов» Чарльз Дарвин писал, что естественный отбор был результатом «сохранения благоприятных индивидуальных различий и вариаций и уничтожения вредных». <...> Идея полностью укрепилась только благодаря работе американского биолога Сьюэлла Райта. В своей основополагающей статье 1932 года <...> он использовал нарисованные от руки диаграммы, чтобы проиллюстрировать, как организм может двигаться через «почти бесконечное поле возможных вариаций, через которые виды могут прокладывать свой путь в условиях естественного отбора. ”

По словам биолога-эволюциониста Тайлера Старра, фитнес-ландшафты — это идеальный способ описать как концептуально, так и количественно, как вирусы хронических или персистирующих инфекций избегают повторяющихся попыток иммунной системы хозяина их нейтрализовать.

С РНК-вирусами, склонными к мутациям, ученым даже не нужно создавать варианты в лаборатории — склонный к ошибкам механизм геномной репликации вносит мутации и делает за них всю работу. Каждая из миллионов копий вируса немного отличается от своих соседей, создавая то, что вирусологи называют роем мутантов. В этом рое находится сырой материал для эволюции путем естественного отбора.

Первоначально ученые, секвенировавшие SARS-CoV-2, не замечали большой генетической вариабельности. Хотя коронавирусы используют склонную к ошибкам РНК-полимеразу для копирования своего генетического материала, у SARS-CoV-2 есть второй белок, который действует как пруфридер. Поэтому исследователи не ожидали, что вирус приобретет столько мутаций, как, скажем, грипп или ВИЧ.

Старр использовал глубокое мутационное сканирование, чтобы создать 4000 различных мутаций рецептор-связывающего домена [SARS-Cov2]. Он оценил их способность связываться с человеческим белком ACE2 <...> и распознаваться иммунной системой.

«Рецептор-связывающий домен RBD приобрел множество различных мутаций, которые фактически улучшали аффинность связывания», — говорит Старр. «Это выглядело как действительно толерантный домен с большим эволюционным потенциалом. Однако в то время преобладало мнение, что коронавирусы не эволюционируют антигенно, что они, скорее всего, будут стабильными».

По словам Старра, когда они впервые разместили результаты своей работы на сервере препринтов biorxiv.org в июне 2020 года, это стало звонком будильника — одним из первых свидетельств того, что SARS-CoV-2 более изменчив, чем люди думали.

Мир, в котором SARS-CoV-2 впервые появился в конце 2019 года, отличался от сегодняшнего мира. Способность вируса производить множество своих копий и распространяться между людьми, несомненно, была ключом к его успеху в начале пандемии. Однако по мере роста числа людей, иммунизированных с помощью вакцинации и естественного заражения, вирус будет испытывать все большее давление, чтобы уклониться от иммунного ответа. <...> Возможно, в начале 2020 года менее трансмиссивный вариант, ускользающий от иммунного ответа, не получал преимущества, но он имеет его сейчас.

Продолжение⬇️

Telegram

@coronamed

Чем так плохи эти новости, что авторы канала постят их среди ночи?

Раннее выявление опасных новых вариантов так же важно для человечества, как для человека важно раннее выявление рака.

Год назад в лонгриде про амазонский вариант мы писали:

Но вместо данных…

www.group-telegram.com/us/coronamed.com/2268

4.2K viewsedited  Jan 22, 2022 at 13:46

Грустно видеть, как поздно научное сообщество оценило реальный мутационный потенциал ковида, как мало человечество может противопоставить эволюции вируса и как много времени еще пройдет до принятия мер - но есть и хорошие новости.

С первого года пандемии постдоки Элисон Грини и Тейлор Старр под руководством Джесси Блума ведут важную работу, которая уже дала нам калькулятор иммунного ускользания. Мы писали о работе лаборатории Блума здесь, здесь и здесь, а о том, как этот калькулятор подтвердил свою эффективность на омикроне - здесь.

По нашему мнению, это самое интересное, что происходит сейчас в борьбе с пандемией - поэтому всячески рекомендуем статью Кэрри Арнольд Evolution ‘Landscapes’ Predict What’s Next for COVID Virus, вышедшую на прошлой неделе в Quanta Magazine.

Некоторые цитаты оттуда:

Хорошо адаптированный вирус сегодня может стать неприспособленным завтра, когда у хозяина выработается устойчивость, и тогда ему придется найти новый способ заразить этого хозяина.

В «Происхождении видов» Чарльз Дарвин писал, что естественный отбор был результатом «сохранения благоприятных индивидуальных различий и вариаций и уничтожения вредных». <...> Идея полностью укрепилась только благодаря работе американского биолога Сьюэлла Райта. В своей основополагающей статье 1932 года <...> он использовал нарисованные от руки диаграммы, чтобы проиллюстрировать, как организм может двигаться через «почти бесконечное поле возможных вариаций, через которые виды могут прокладывать свой путь в условиях естественного отбора. ”

По словам биолога-эволюциониста Тайлера Старра, фитнес-ландшафты — это идеальный способ описать как концептуально, так и количественно, как вирусы хронических или персистирующих инфекций избегают повторяющихся попыток иммунной системы хозяина их нейтрализовать.

С РНК-вирусами, склонными к мутациям, ученым даже не нужно создавать варианты в лаборатории — склонный к ошибкам механизм геномной репликации вносит мутации и делает за них всю работу. Каждая из миллионов копий вируса немного отличается от своих соседей, создавая то, что вирусологи называют роем мутантов. В этом рое находится сырой материал для эволюции путем естественного отбора.

Первоначально ученые, секвенировавшие SARS-CoV-2, не замечали большой генетической вариабельности. Хотя коронавирусы используют склонную к ошибкам РНК-полимеразу для копирования своего генетического материала, у SARS-CoV-2 есть второй белок, который действует как пруфридер. Поэтому исследователи не ожидали, что вирус приобретет столько мутаций, как, скажем, грипп или ВИЧ.

Старр использовал глубокое мутационное сканирование, чтобы создать 4000 различных мутаций рецептор-связывающего домена [SARS-Cov2]. Он оценил их способность связываться с человеческим белком ACE2 <...> и распознаваться иммунной системой.

«Рецептор-связывающий домен RBD приобрел множество различных мутаций, которые фактически улучшали аффинность связывания», — говорит Старр. «Это выглядело как действительно толерантный домен с большим эволюционным потенциалом. Однако в то время преобладало мнение, что коронавирусы не эволюционируют антигенно, что они, скорее всего, будут стабильными».

По словам Старра, когда они впервые разместили результаты своей работы на сервере препринтов biorxiv.org в июне 2020 года, это стало звонком будильника — одним из первых свидетельств того, что SARS-CoV-2 более изменчив, чем люди думали.

Мир, в котором SARS-CoV-2 впервые появился в конце 2019 года, отличался от сегодняшнего мира. Способность вируса производить множество своих копий и распространяться между людьми, несомненно, была ключом к его успеху в начале пандемии. Однако по мере роста числа людей, иммунизированных с помощью вакцинации и естественного заражения, вирус будет испытывать все большее давление, чтобы уклониться от иммунного ответа. <...> Возможно, в начале 2020 года менее трансмиссивный вариант, ускользающий от иммунного ответа, не получал преимущества, но он имеет его сейчас.

Продолжение⬇️

BY @coronamed